若判决书已过两年申请执行期限且未申请执行，一般情况下执行申请权消灭，但存在以下特殊情形可补救：

1. 申请执行期限的法律规定与后果
   根据《中华人民共和国民事诉讼法》第246条，申请执行的期间为二年，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；若法律文书规定分期履行，则从最后一期履行期限届满之日起计算。若超过此期限未申请执行，法院将不再受理强制执行申请，胜诉方丧失通过法院强制手段实现债权的权利。

2. 特殊情形下的补救措施

   • 时效中断与重新计算：若在两年期限内，胜诉方曾向义务人主张权利（如催告履行、达成还款协议等），或义务人同意履行义务，可构成时效中断，申请执行期限从中断事由消除后重新计算两年。需提供书面证据（如催告函、还款协议、录音录像等）证明中断事由。
     
   • 时效中止的适用：若在两年期限的最后六个月内，因不可抗力（如自然灾害、战争）或其他障碍（如义务人下落不明、胜诉方丧失行为能力且无法定代理人）导致无法申请执行，时效中止，待障碍消除后继续计算剩余期限。需提供相关证明材料（如灾害证明、医院诊断书、公安机关出具的失踪证明等）。
     
   • 义务人自愿履行：即使超过申请执行期限，若义务人自愿履行债务，胜诉方仍有权接受，且履行后不得以超过期限为由反悔。若义务人部分履行后拒绝继续履行，胜诉方可就剩余部分申请执行（需证明部分履行与剩余债务的关联性）。
     

3. 实务建议

   • 立即核查时效状态：调取判决书原件，确认履行期限届满日，计算是否已超两年；同时梳理是否存在时效中断、中止的证据。
     
   • 尝试与义务人协商：若义务人仍有履行意愿，可签订书面还款协议，明确还款计划及违约责任，并约定“本协议签订后，原判决书的申请执行期限中断，从最后一期还款期限届满之日起重新计算两年”。
     
   • 及时申请执行或提起诉讼：若符合时效中断、中止条件，应尽快向法院申请执行；若义务人拒绝履行且无时效补救可能，可考虑以“新债权”为由另行起诉（需结合具体案情评估可行性）。
     

提示：执行时效问题涉及复杂证据认定和法律适用，建议携带判决书及相关证据材料，进一步向我详细咨询，以便制定具体应对方案。