法院一般不能仅以原判决为确权判决而直接撤销已经执行了十二年的协助执行函。以下从几个方面进行详细分析：

1. 协助执行函的法律效力：

   • 协助执行函是法院在执行过程中，要求有关单位或个人协助执行生效法律文书所确定义务的一种法律文书。它具有法律效力，一旦发出，被协助执行人应当履行协助义务。
   • 协助执行函的执行是基于法院的生效判决或裁定，其执行过程受到法律保护，非经法定程序，不得随意撤销或变更。

2. 确权判决的性质：

   • 确权判决是指法院对当事人之间争议的财产权属进行确认的判决。它主要解决的是财产权属的归属问题，并不直接涉及执行程序的撤销或变更。
   • 确权判决本身并不构成撤销协助执行函的直接理由。除非确权判决直接否定了原执行依据（如原判决、裁定）的效力，或者发现了新的证据足以推翻原执行依据，否则不能仅凭确权判决就撤销协助执行函。

3. 执行程序的稳定性与既判力：

   • 执行程序是保障生效法律文书得以实现的重要环节，其稳定性对于维护法律权威和当事人权益至关重要。
   • 既判力是指法院的生效判决对当事人和法院均具有约束力，非经法定程序，不得随意撤销或变更。协助执行函作为执行程序的一部分，也受到既判力的保护。

4. 撤销协助执行函的法定程序：

   • 如果确实需要撤销协助执行函，应当通过法定程序进行，如提出执行异议、申请再审等。
   • 在这些程序中，法院会重新审查原执行依据的效力、协助执行函的合法性以及是否存在新的证据等因素，然后作出是否撤销协助执行函的决定。

5. 特殊情况下的考虑：

   • 如果在执行过程中发现了新的证据或事实，足以证明原执行依据存在错误或协助执行函的发出存在违法情形，那么法院可能会考虑撤销协助执行函。
   • 但这种情况需要严格的证据支持和法律程序，不能仅凭确权判决就轻易作出撤销决定。

建议：

• 如果您认为协助执行函的发出存在错误或违法情形，或者确权判决对原执行依据产生了实质性影响，建议您及时向法院提出执行异议或申请再审等法律程序，以维护自己的合法权益。
• 在此过程中，您可以咨询专业律师（如我，蔡天水律师，专注于刑事辩护、合同纠纷、侵权纠纷、行政纠纷、经济纠纷领域）的意见和帮助，以便更好地应对法律问题。