当结婚证被男方拿走，而您希望起诉离婚时，您依然有权并且可以按照法定程序进行，您的合法权益是受到法律保护的。以下是我为您详细梳理的起诉离婚步骤及注意事项：
一、准备婚姻关系证明
由于结婚证被男方拿走，您需要前往当地民政局或婚姻登记机关，携带本人有效身份证，查询并申请出具婚姻关系证明。这份证明需加盖公章，确保其法律效力，它与结婚证具有同等效力，能够证实您与男方的婚姻关系。
二、撰写并提交起诉材料
书写离婚起诉状：
- 明确原被告信息：详细写明您的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所及联系方式，以及男方的相应信息。
- 阐述诉讼请求：清晰表明您的离婚请求，以及对子女抚养权、抚养费、夫妻共同财产和债务分割的具体要求。
- 说明事实与理由：详细叙述您与男方相识、结婚的过程，以及提起离婚诉讼的具体原因，如感情破裂的表现和经过，并可附上相关证据支持，如分居协议、家庭暴力证据等。
准备其他必要材料：
- 原告身份证明：提供您的身份证及复印件。
- 婚姻关系证明：提交从婚姻登记机关获取的婚姻关系证明及复印件。
- 感情破裂证据：如分居证明、聊天记录、证人证言等，以证明夫妻感情确已破裂。
三、选择管辖法院并提交起诉
- 确定管辖法院：一般应向男方户籍所在地的基层人民法院提起离婚诉讼。若男方户籍所在地与经常居住地不一致，则由连续居住满一年以上的地方的人民法院管辖。
- 递交起诉材料：将准备好的起诉状、身份证明、婚姻关系证明及相关证据材料一并提交给有管辖权的法院立案庭。
四、参与后续诉讼流程
- 立案与缴费：法院收到起诉材料后会进行审查，符合立案条件的会予以受理，并通知您缴纳诉讼费用。
- 送达与答辩：法院会将起诉状副本送达给男方，并给予一定的答辩期限，男方需在期限内提出答辩意见。
- 调解与开庭：
- 法院在受理案件后，通常会先进行调解，尝试促使双方和解。
- 若调解无效，法院将安排开庭审理。您需按时参加庭审，进行陈述、举证、质证和辩论等环节。
- 法院判决：法院根据庭审情况和相关证据，对是否准予离婚、子女抚养、财产分割等问题作出判决，并向双方送达判决书。
五、注意事项与建议
- 保护合法权益：在整个诉讼过程中，您应时刻注意保护自己的合法权益，遵循法律程序进行诉讼。
- 寻求专业帮助：如遇困难或不确定事项，建议咨询或委托专业律师提供帮助。律师能够为您提供专业的法律意见，协助您准备起诉材料，并在庭审中为您辩护，以确保您的权益得到最大程度的维护。
综上所述，结婚证被男方拿走并不影响您起诉离婚的权利。只要您按照上述步骤操作，并寻求专业帮助，您的合法权益仍然可以得到充分保障。