第三次起诉离婚时，分居时间的认定一般以最后一次分居的实际时间为准，但需结合分居的连续性、证据充分性及法院综合判断来认定。以下从不同角度详细说明：

1. 分居时间的认定原则
   根据《民法典》第1079条，法院判决离婚的核心条件是“感情确已破裂”。若因感情不和分居满2年，法院应准予离婚。分居时间从最后一次分居的实际开始时间起算，而非第一次起诉或第二次起诉时的分居时间。例如：若第一次起诉后双方短暂复合，后又因感情不和再次分居，则分居时间需从最后一次分居开始重新计算。

2. 分居连续性的要求
   分居需满足“连续性”和“因感情不和”两个要件。若分居期间有短暂同居或复合行为，可能中断分居时间的连续性。例如：分居1年后双方共同生活1个月，后又分居，则前1年分居时间可能被中断，需从再次分居时重新计算。

3. 证据的充分性
   分居时间需通过证据证明，常见证据包括：

   • 租房合同、物业缴费记录等居住证明；
     
   • 聊天记录、邮件等沟通记录（需体现分居事实）；
     
   • 证人证言（如邻居、亲友）；
     
   • 双方签署的分居协议（如有）。
     证据越充分，法院认定分居时间的可能性越高。若证据不足，法院可能结合其他因素（如感情破裂程度）综合判断。

4. 第三次起诉的特殊性
   第三次起诉离婚时，法院会重点审查：

   • 前两次起诉未判离的原因（如是否调解和好、证据是否充分）；
     
   • 本次起诉时双方感情是否确已破裂（包括分居时间、矛盾激化程度等）；
     
   • 是否存在其他法定离婚情形（如家暴、重婚等）。
     即使分居未满2年，若感情破裂证据充分，法院也可能判离；反之，若分居满2年但证据不足，法院可能要求补充证据或驳回起诉。

建议：

• 保留分居期间的完整证据链，避免证据中断；
  
• 若分居期间有复合行为，及时固定新分居时间的证据；
  
• 起诉时结合分居时间、感情破裂证据及其他法定情形综合主张，提高判离概率。
  

如有具体证据或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为你分析。