代理公司在发票出现问题时是否承担责任，需根据具体情况判断，主要取决于代理公司的过错程度、合同约定及法律规定。以下分情况详细说明：

1. 代理公司存在故意或重大过失
   若代理公司明知发票存在虚假、违规（如虚开、伪造、与实际业务不符等）仍提供服务，或因保管不善导致发票丢失、损毁，根据《民法典》第929条（委托合同责任）及《发票管理办法》相关规定，代理公司需承担赔偿责任，甚至可能面临行政处罚（如罚款、停业整顿）。例如：代理公司伪造发票帮助企业逃税，或未按规定审核发票真实性导致企业被税务机关处罚。

2. 代理公司无过错但合同有约定
   若双方合同明确约定“代理公司仅负责代开发票，不承担审核义务”，且代理公司已按流程操作（如完整传递发票信息、未篡改内容），则一般无需担责。但需注意：若合同条款违反《民法典》第153条（违背公序良俗）或《税收征收管理法》等强制性规定（如约定“代理公司协助逃税”），该条款可能无效，代理公司仍可能被追责。

3. 发票问题由第三方导致
   若发票问题源于上游供应商（如供应商提供虚假发票），而代理公司已尽到合理审查义务（如核对供应商资质、发票基本信息），则责任应由供应商承担。但若代理公司未履行基本审查（如未核对发票代码、号码、金额等关键信息），可能被认定为“未尽到谨慎义务”，需承担部分责任。

4. 企业自身存在过错
   若企业明知发票有问题仍要求代理公司开具，或未及时提供真实业务资料导致发票错误，根据《民法典》第1165条（过错责任原则），企业需自行承担后果。例如：企业为少缴税款要求代理公司虚开发票，后续被查处的责任应由企业承担。

建议行动：

• 若发现发票问题，立即固定证据（如合同、沟通记录、发票原件等），并区分责任主体；
  
• 根据过错程度与代理公司协商解决，或通过诉讼/仲裁主张权利；
  
• 日常合作中，在合同中明确约定双方权利义务（如审核标准、违约责任），降低风险。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我提供细节，我会进一步为您梳理法律风险。