结论：在小区改造中，即使改造后效果更好，若未经合法程序强拆业主房屋，该业主仍有权控告。具体应对方式需根据实际情况分析，包括改造的合法性、强拆的程序合规性等。

详细分析：

1. 改造的合法性：

   • 小区改造若涉及房屋拆迁，必须依据相关法律法规进行，如《国有土地上房屋征收与补偿条例》等。改造项目需获得政府相关部门的批准，并明确征收范围、补偿标准等。
   • 若改造项目未经合法程序批准，或未按照法定程序进行，那么改造行为本身就可能构成违法。

2. 强拆的程序合规性：

   • 即使改造项目合法，强拆也必须遵循严格的法律程序。这通常包括事先通知业主、与业主协商补偿事宜、获得法院的强制执行裁定等。
   • 若强拆行为未经合法程序，如未事先通知业主、未与业主协商补偿、未获得法院裁定等，那么强拆行为就是违法的。

3. 业主的控告权利：

   • 无论改造后效果如何，只要强拆行为违法，业主都有权向相关部门控告或提起诉讼。业主可以要求恢复原状、赔偿损失等。
   • 业主控告的依据主要是强拆行为的违法性，以及因此给自己造成的损失。

4. 应对策略：

   • 若改造和强拆均合法：那么业主的控告可能难以成立。但即便如此，也应积极与业主沟通，解释改造的必要性和合法性，争取业主的理解和支持。
   • 若改造或强拆存在违法情形：则应立即停止违法行为，与业主协商补偿事宜，尽量达成和解。若无法和解，则应积极应对业主的控告或诉讼，准备相关证据和法律文书，以维护自身合法权益。

法律建议：

• 在进行小区改造和房屋拆迁时，务必确保改造项目的合法性和强拆程序的合规性。这包括获得政府相关部门的批准、遵循法定程序进行强拆等。
• 若遇到业主反对或控告，应积极与业主沟通协商，尽量达成和解。若无法和解，则应及时寻求法律帮助，准备相关证据和法律文书以应对可能的法律诉讼。

可能后果：

• 若强拆行为被认定为违法，可能面临行政处罚、民事赔偿等法律责任。同时，还可能影响改造项目的进度和声誉。
• 若业主的控告成立，除了需要承担法律责任外，还可能面临社会舆论的压力和公众形象的损害。

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