针对您提出的“城中村自建房居住二十多年，房产证不合法怎么办”的问题，核心结论需分情况讨论，主要取决于房产证不合法的原因、房屋建设合法性及当地政策，以下是具体分析：

1. 若房产证不合法因“建设手续缺失”

城中村自建房常见因未办理《建设工程规划许可证》《乡村建设规划许可证》等手续，导致房产证无法合法登记。此时需分两步处理：

• 第一步：确认房屋是否属于“可补办手续”范围
  根据《城乡规划法》第64条，若房屋建设时未取得规划许可，但符合当地规划要求（如未占用耕地、未影响消防等），可向当地规划部门申请补办手续；若不符合规划要求，可能面临限期拆除或罚款。
  建议行动：携带土地证、建房时间证明（如水电费单据、邻居证言）等材料，向当地自然资源局（原国土局）或规划局咨询补办可能性。

• 第二步：补办手续后重新登记房产证
  若补办成功，需持规划许可证、土地证、房屋测绘报告等材料，向不动产登记中心申请合法产权登记。

2. 若房产证不合法因“土地性质问题”

城中村土地可能属于集体所有（宅基地）或国有划拨土地。若房屋建在集体土地上但未取得宅基地使用权证，或建在国有土地上但未缴纳土地出让金，房产证可能被认定为无效。

• 集体土地房屋：需确认是否符合“一户一宅”原则，且未超出当地宅基地面积标准。若符合，可向村委会申请补办宅基地使用权证，再办理房产证。
  
• 国有土地房屋：若土地为划拨性质（如早期单位福利房），需补缴土地出让金后转为出让地，再办理合法产权；若土地来源违法（如占用国有空地），可能面临收回风险。
  

3. 若房屋因历史遗留问题无证（如早期自建房）

部分城中村房屋因建设年代久远（如90年代前），当时法律未要求严格审批，可依据当地“历史遗留问题处理政策”申请确权。例如：

• 广东省《关于加快处理不动产登记历史遗留问题的指导意见》明确，对1987年《土地管理法》实施前建设的房屋，可按“现状”确权；
  
• 需提供建房时间证明、土地来源证明（如村集体证明）、邻居无异议声明等材料，向当地不动产登记中心申请确权登记。
  

4. 若房屋涉及违法建设（如加建、改建）

若房屋存在超面积建设、改变用途（如住宅改商铺）等违法行为，需先接受行政处罚（如罚款、拆除违规部分），再补办手续。例如：

• 根据《广州市违法建设查处条例》，对可改正的违法建设，需按建筑面积处建设工程造价5%-10%的罚款，补办规划许可后方可确权；
  
• 风险提示：若房屋被认定为“无法采取改正措施消除影响”（如占用消防通道），可能面临强制拆除。
  

5. 若房产证因登记错误不合法

若房产证本身因登记机关错误（如权利人姓名错误、面积错误）导致不合法，可依据《不动产登记暂行条例》申请更正登记，需提供错误证明材料（如原登记档案、权属来源证明）。

行动建议：

1. 立即携带土地证、建房时间证明、房产证（如有）等材料，向当地自然资源局或不动产登记中心咨询具体原因及补办流程；
   
2. 若涉及违法建设，优先与城管部门沟通，争取通过罚款、整改等方式保留房屋；
   
3. 关注当地“城中村改造”或“历史遗留问题处理”政策，部分地区对长期居住的无证房有特殊确权通道。
   

城中村自建房问题复杂，需结合土地性质、建设时间、当地政策综合判断。如有进一步疑问，可直接向我提供房屋具体信息（如建设年代、土地来源、是否涉及改建等），我会为您定制解决方案。