当村民小组承包合同被认定无效时，处理方式需结合合同无效的原因、履行情况及双方过错程度综合判断。以下是具体处理原则和步骤：

1. 返还财产或折价补偿
   根据《民法典》第157条，合同无效后，因该合同取得的财产应当返还；无法返还或没必要返还的，应折价补偿。例如：

   • 若承包方已支付承包费但未实际使用土地，村民小组需退还承包费；
     
   • 若承包方已对土地进行改良（如修建水利设施），村民小组需对改良支出折价补偿。

2. 过错方赔偿损失
   双方需根据过错程度分担损失。常见情形包括：

   • 村民小组过错：如未依法召开村民会议表决、隐瞒土地权属争议等，需赔偿承包方实际损失（如前期投入、预期收益等）；
     
   • 承包方过错：如擅自改变土地用途（如将耕地转为建设用地），需赔偿村民小组土地恢复费用及收益损失；
     
   • 双方过错：按过错比例分担损失（如村民小组未履行审批手续，承包方未尽审查义务）。

3. 土地现状处理

   • 若土地已被开发利用（如种植作物、建设设施），需根据实际情况恢复原状或协商利用方案；
     
   • 若涉及第三方权益（如承包方将土地转包），需通知第三方参与协商，避免扩大损失。

4. 行政程序衔接

   • 若合同无效涉及土地违法（如未报批、改变用途），需向自然资源部门报告，由行政部门依法处理（如责令整改、罚款）；
     
   • 若涉及集体收益分配纠纷，可申请农村土地承包仲裁委员会仲裁或直接向法院起诉。

操作建议：

1. 立即停止履行合同，避免扩大损失；
   
2. 收集证据（如合同文本、付款凭证、会议记录、土地现状照片等）；
   
3. 委托律师评估合同无效原因及责任比例；
   
4. 优先通过协商或调解解决，降低诉讼成本；
   
5. 若协商无果，及时向法院起诉，主张返还、补偿或赔偿。

注意事项：

• 合同无效不影响争议解决条款效力（如仲裁条款）；
  
• 若承包方为善意第三人（如不知情且支付合理对价），可能适用善意取得制度保护其权益；
  
• 涉及集体组织成员权益时，需经村民会议或村民代表会议决议，避免程序违法导致处理结果无效。

如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的解决方案。