小产权房卖方合同纠纷中申请占用费的依据主要来源于合同约定、实际损失情况以及公平合理原则，具体分析如下：

1. 合同约定
   若买卖双方在合同中明确约定了房屋交付后的占用费标准（如每日按房价的万分之X计算），则该约定具有法律效力。卖方可直接依据合同条款主张占用费，但需注意：

   • 合同条款需合法有效（如未违反法律强制性规定）；
     
   • 占用费标准需合理，若明显过高，买方可能以“显失公平”为由请求法院调整。

2. 实际损失依据
   若合同未约定占用费，卖方可主张因买方占用房屋导致的实际损失，例如：

   • 房屋若出租可获得的租金收益；
     
   • 房屋被占用期间产生的维护费用（如物业费、水电费等）；
     
   • 其他直接经济损失（如因买方占用导致卖方无法及时使用房屋的损失）。
     需提供证据：如租金评估报告、物业费缴纳凭证、房屋使用受限的证明等。

3. 公平合理原则
   在合同无约定且实际损失难以举证时，法院可能根据《民法典》第六条“公平原则”和第五百八十四条“损失赔偿范围”酌情判定占用费。此时需考虑：

   • 买方占用房屋的时长；
     
   • 房屋的市场价值及使用价值；
     
   • 双方过错程度（如卖方是否延迟交付房屋）。

特别提醒：

• 小产权房因土地性质特殊（如集体土地、未取得规划许可），其买卖合同可能被认定无效。若合同无效，占用费主张可能转化为“房屋使用费”，标准通常参照市场租金，但需以合同无效过错分担为前提。
  
• 实践中，法院对小产权房纠纷的裁判尺度差异较大，建议结合具体案情（如房屋位置、交易背景、当地政策）综合主张权利。
  

如有进一步细节（如合同条款、占用时长、房屋现状等），可向我补充说明，以便更精准分析。