结论：在处理小产权房买方提出合同纠纷，卖方申请占用费的问题时，法院是否支持卖方的申请，需根据具体情况判断，包括合同效力、买方是否构成违约、卖方主张占用费的合理性及证据充分性等因素。

分析如下：

1. 合同效力问题：

   • 小产权房通常指的是在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，亦称“乡产权房”。由于小产权房的买卖合同可能因违反法律、行政法规的强制性规定（如未经批准擅自改变土地用途）而被认定为无效。
   • 若合同无效，则双方基于合同产生的权利义务关系将受到影响，但卖方仍可能基于不当得利等原则主张买方支付房屋使用期间的占用费。

2. 买方是否构成违约：

   • 若合同有效，但买方未按约定支付房款或履行其他义务，则构成违约。在此情况下，卖方有权要求买方承担违约责任，包括支付违约金或赔偿损失。
   • 若卖方主张的是因买方违约导致的占用费（如买方长期占用房屋却未支付房款），则法院在认定买方违约的前提下，可能支持卖方的申请。

3. 卖方主张占用费的合理性及证据充分性：

   • 卖方需证明其主张的占用费是合理的，即该费用应与房屋的实际使用情况、市场租金水平等因素相符。
   • 卖方还需提供充分的证据证明买方确实占用了房屋，且未支付相应的费用。这可能包括房屋交接记录、租金评估报告、买方支付记录等。

4. 法院的具体裁判：

   • 法院在审理此类案件时，会综合考虑合同效力、买方是否构成违约、卖方主张占用费的合理性及证据充分性等因素，作出公正的裁判。
   • 若法院认定卖方的主张成立，则可能判决买方支付占用费；若认定卖方的主张不成立，则可能驳回卖方的申请。

建议：

• 对于卖方而言，在主张占用费前，应仔细审查合同效力及买方是否构成违约，并收集充分的证据证明其主张的合理性。
• 对于买方而言，若面临卖方的占用费主张，应积极应诉，提供相反证据证明其未占用房屋或已支付相应费用，或主张合同无效等抗辩理由。
• 双方在处理此类纠纷时，均可考虑通过协商、调解等非诉讼方式解决争议，以降低诉讼成本并提高解决效率。

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