同一个企业内，总公司编制和分公司编制的员工同工不同酬，这一做法在一般情况下是不合理的，且可能违反法律规定。以下从多个角度进行分析：
法律角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十六条：“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。”这意味着，在同一企业内，从事相同工作、付出等量劳动且取得相同劳动业绩的劳动者，应获得相同的劳动报酬。总公司编制和分公司编制的员工，如果实际工作内容、工作量、工作成果等均相同，那么他们应当享有同等的薪酬待遇。
- 若企业因编制不同而实行同工不同酬，可能构成对劳动者的歧视，违反了劳动法的平等原则。劳动者有权依法维护自己的合法权益，包括向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。
实践角度：
- 从企业管理的角度来看，同工不同酬可能引发员工之间的不满和矛盾，影响团队的凝聚力和工作效率。长期来看，这种不公平的薪酬制度可能损害企业的声誉和形象，不利于企业的长远发展。
- 企业应当建立公平、透明的薪酬制度，确保员工的薪酬与其工作表现、能力、贡献等相匹配。这有助于激发员工的工作积极性和创造力，提升企业的整体竞争力。
特殊情况：
- 当然，也存在一些特殊情况，如分公司位于不同地区，当地的生活成本、经济发展水平等存在差异，可能导致薪酬水平的不同。但这种情况应当基于合理的理由和充分的依据，并且应当向员工进行充分的说明和解释。
- 另外，如果总公司编制和分公司编制的员工在工作内容、职责、技能要求等方面存在实质性差异，那么薪酬水平的不同可能是合理的。但这种情况需要企业进行详细的岗位分析和评估，确保薪酬差异的合理性和公正性。
建议：
- 对于企业而言，应当审查自身的薪酬制度，确保符合法律法规的要求，避免同工不同酬的情况发生。如果确实存在特殊情况需要实行不同的薪酬制度，应当向员工进行充分的说明和解释，并确保制度的公平性和透明度。
- 对于员工而言，如果发现自己存在同工不同酬的情况，可以先与企业进行沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，甚至向人民法院提起诉讼，依法维护自己的合法权益。
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