贷款档案内容填写有瑕疵是否算违规，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
从合规性角度
轻微瑕疵，不影响贷款核心要素：
- 如果贷款档案中的瑕疵仅涉及一些非核心信息，如联系方式的细微错误、部分非关键性资料的格式问题等，且这些瑕疵并未对贷款的审批、发放、还款等核心环节产生实质性影响，那么通常不会被认定为违规。银行或金融机构在内部审核时，可能会要求相关人员进行修正，但一般不会因此追究违规责任。
严重瑕疵，影响贷款核心要素或存在欺诈风险：
- 如果贷款档案中的瑕疵涉及贷款的核心要素，如借款人身份信息不实、贷款用途虚假、还款能力评估不准确等，或者存在明显的欺诈行为，如伪造文件、冒用他人身份等，那么这些瑕疵就构成了违规。银行或金融机构不仅会拒绝贷款申请，还可能向相关部门报告，追究借款人的法律责任。
从法律后果角度
民事责任：
- 如果贷款档案瑕疵导致贷款合同无效或可撤销，借款人可能需要承担返还贷款本金及利息的民事责任。同时，如果因瑕疵给银行或金融机构造成损失，借款人还可能需要承担赔偿责任。
行政责任：
- 在某些情况下，如果贷款档案瑕疵违反了相关金融监管规定，银行或金融机构可能会受到行政处罚，如罚款、警告等。虽然这些处罚通常针对机构而非个人，但借款人作为贷款申请的主体，也可能因间接影响而受到一定影响。
刑事责任：
- 如果贷款档案瑕疵涉及欺诈等犯罪行为，如伪造文件、冒用他人身份等，借款人可能面临刑事指控，承担刑事责任。这包括有期徒刑、罚金等严厉的刑罚。
从实际操作角度
银行或金融机构的审核流程：
- 银行或金融机构在审批贷款时，会对贷款档案进行严格审核。如果发现瑕疵，会要求借款人进行修正或补充资料。如果借款人无法提供合理解释或修正瑕疵，贷款申请可能会被拒绝。
借款人的应对策略：
- 作为借款人，在填写贷款档案时，应确保所有信息的真实性和准确性。如果发现档案中有瑕疵，应及时与银行或金融机构沟通，进行修正或补充。避免因小失大，导致贷款申请被拒绝或承担不必要的法律责任。
建议：在填写贷款档案时，务必认真仔细，确保所有信息的真实性和准确性。如果对某些信息不确定或存在疑问，应及时咨询银行或金融机构的工作人员，避免因瑕疵而引发不必要的麻烦。如果你在贷款档案填写或贷款过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。