当行政机关被企业起诉时，可按照以下步骤处理：
- 及时应诉与准备材料
- 确认起诉信息：行政机关收到法院送达的起诉状副本后，应立即确认起诉主体、诉讼请求、事实与理由等关键信息，判断案件性质（如行政处罚、行政许可、行政强制等）。
- 组织应诉团队：由法制部门牵头，联合具体业务部门、法律顾问或外聘律师成立应诉小组，明确分工（如证据收集、法律分析、出庭答辩等）。
- 收集证据材料：围绕被诉行政行为的合法性、合理性，收集相关证据（如行政程序文件、现场笔录、鉴定意见、法律依据等），并制作证据清单。
- 撰写答辩状：在法定期限内（通常为15日）向法院提交答辩状，针对原告的诉讼请求逐项反驳，并引用具体法律条款说明行政行为的合法性。
- 分析案件风险与制定策略
- 评估败诉风险：结合证据和法律适用，分析行政行为是否存在程序违法、事实认定错误、适用法律错误或明显不当等情形，预判败诉可能性。
- 确定应诉重点：若行政行为合法，重点论证程序合规性、事实充分性、法律适用正确性；若存在瑕疵，需评估是否可通过补正材料、解释说明等方式降低风险。
- 考虑调解或和解：在符合公共利益且不损害第三方权益的前提下，可主动与企业沟通，探索通过调解或和解解决纠纷（如调整处罚幅度、变更行政决定等），以节约行政资源并维护政企关系。
- 出庭应诉与后续处理
- 出庭答辩：由行政机关负责人或授权工作人员出庭，按照法庭程序陈述答辩意见、举证质证、参与辩论，并回答法官提问。
- 尊重法院判决：无论判决结果如何，均应尊重司法权威。若胜诉，可总结经验完善行政程序；若败诉，需在法定期限内履行判决（如撤销、变更行政行为或赔偿损失），避免引发执行纠纷或国家赔偿。
- 完善内部管理：针对败诉案件暴露的问题（如程序漏洞、执法不规范等），及时修订相关制度、加强人员培训，降低未来类似诉讼风险。
- 特殊情形处理
- 复议与诉讼衔接：若企业先申请行政复议后提起诉讼，需关注复议决定对诉讼的影响（如复议维持原行政行为的，原机关和复议机关为共同被告）。
- 公益诉讼应对：若企业以公益名义起诉（如环保、消费者权益等领域），需额外评估社会影响，积极配合法院审理，并主动公开处理进展以回应公众关切。
提示：行政机关在诉讼中应始终以“合法、合理、程序正当”为原则，既维护自身执法权威，也保障企业合法权益。如有复杂案件或不确定法律问题，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。