结论前置：劳动合同在入职三个月后签订，从法律条文本身来看，并不直接判定为违法，但关键在于是否在入职后一个月内签订了书面劳动合同。若未在一个月内签订，则用人单位需承担相应法律责任；若已签订，且合同内容合法，则三个月后签订（实际指合同期限开始后的三个月）的劳动合同本身合法，但需注意不得约定试用期。
详细分析：
法律对劳动合同签订时间的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者建立劳动关系时，应当订立书面劳动合同。且用人单位应自用工之日起一个月内与劳动者订立书面劳动合同。这意味着，从员工实际开始工作的那一天起算，用人单位有一个月的时间来与员工签订书面劳动合同。
三个月后签订劳动合同的合法性分析：
- 如果用人单位在员工入职后的一个月内已经与其签订了书面劳动合同，那么无论合同期限是多久（包括三个月），都是合法的。但需要注意的是，如果合同期限较短（如三个月），根据法律规定，此类合同不得约定试用期。
- 如果用人单位未在员工入职后的一个月内与其签订书面劳动合同，而是等到三个月后才签订，那么这种行为是违法的。用人单位需要承担向劳动者每月支付二倍工资的法律责任，直至双方签订劳动合同或满一年视为订立无固定期限劳动合同为止。
劳动合同内容的合法性：
- 无论劳动合同何时签订，其内容都必须合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用。合同应详细规定工作内容、工作时间、劳动报酬、社会保险等关键条款，以保障双方的合法权益。
对劳动者权益的影响及建议：
- 及时签订劳动合同对于保障劳动者的权益至关重要。它明确了双方在工资、工作时间、休息休假、劳动保护等方面的权利和义务，为劳动者提供了法律上的保障。
- 如果用人单位未按时签订劳动合同，劳动者有权要求用人单位支付双倍工资或视为已订立无固定期限劳动合同，并可以通过劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 作为劳动者，应提高自己的法律意识，了解自己的权利和义务。在入职时，应主动要求与用人单位签订书面劳动合同，并仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到保障。
举例说明：
假设小李于2023年1月1日入职一家公司，但公司直到2023年4月1日才与他签订书面劳动合同。如果公司在1月1日至3月31日期间未与小李签订任何书面协议，那么从4月1日起，公司需要向小李支付双倍工资，直至双方签订劳动合同或满一年（即2024年1月1日）视为订立无固定期限劳动合同为止。但如果公司在1月1日至3月31日期间已经与小李签订了书面劳动合同（无论合同期限是多久），且合同内容合法，那么这种行为就是合法的，只是需要注意合同中不得约定试用期。
总结与建议：
用人单位应严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》的规定，在员工入职后一个月内与其签订书面劳动合同，以确保双方的合法权益得到有效保障。同时，劳动者也应了解自己的权利，督促用人单位按时签订劳动合同，并在签订合同时仔细阅读合同条款，确保自己的权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。