在村医与卫生院的关系中，协议和劳动合同的效力及优先级，主要取决于协议的具体内容和性质，以及双方的实际履行情况。一般来说，若劳动合同与协议内容不冲突，两者可并存；若存在冲突，则需根据具体情况判断以何者为主。以下是对此问题的详细分析：
一、协议与劳动合同的性质及关系
协议：
- 协议通常是双方就特定事项达成的共识，其内容可能涉及工作条件、待遇、职责等多个方面。
- 协议的性质取决于其具体内容。如果协议内容涵盖了劳动合同的主要条款，如工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等，且双方实际按照协议履行，那么该协议可能具有劳动合同的性质。
劳动合同：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 劳动合同具有法定性，必须包含《中华人民共和国劳动合同法》规定的必备条款，如劳动合同期限、工作内容和工作地点、工作时间和休息休假、劳动报酬、社会保险等。
关系：
- 如果协议与劳动合同的内容不冲突，且双方均按照协议和劳动合同履行，那么两者可以并存，共同规范双方的权利和义务。
- 如果协议与劳动合同的内容存在冲突，那么需要判断以何者为主。这通常取决于协议的性质、双方的实际履行情况以及相关法律法规的规定。
二、以何者为主的判断标准
协议是否具有劳动合同的性质：
- 如果协议内容涵盖了劳动合同的主要条款，且双方实际按照协议履行，那么该协议可能被视为劳动合同的一部分或替代劳动合同。在这种情况下，协议与劳动合同具有同等的法律效力。
- 如果协议内容不涉及劳动合同的主要条款，或者双方并未按照协议履行，那么该协议可能仅作为双方之间的补充约定，其法律效力可能低于劳动合同。
双方的实际履行情况：
- 如果双方在实际履行过程中主要依据协议而非劳动合同，那么协议可能具有更高的优先级。
- 如果双方在实际履行过程中主要依据劳动合同而非协议，那么劳动合同可能具有更高的优先级。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。因此，在劳动合同与协议存在冲突时，应优先考虑劳动合同的约定。
- 但是，如果协议内容符合法律法规的规定，且双方均同意按照协议履行，那么协议也可能具有优先效力。
三、建议
明确协议与劳动合同的内容：
- 村医与卫生院在签订协议和劳动合同时，应明确各自的内容、范围和效力，避免产生冲突和歧义。
优先签订劳动合同：
- 为了保障双方的权益，建议村医与卫生院优先签订劳动合同，并确保劳动合同包含所有必备条款。
及时咨询专业律师：
- 如果村医与卫生院在协议与劳动合同的签订或履行过程中遇到任何问题或争议，建议及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
总之，在村医与卫生院的关系中，协议和劳动合同的效力及优先级取决于协议的具体内容和性质、双方的实际履行情况以及相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。