商标侵权案件民事纠纷管辖法院的法律依据，主要依据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释来确定，具体如下：
一、级别管辖
基层人民法院管辖
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第十八条，基层人民法院管辖第一审民事案件，但本法另有规定的除外。
- 说明：大多数商标权纠纷案件，如商标侵权、商标合同纠纷等，案情相对简单，标的额较小，通常由侵权行为地或被告住所地的基层人民法院管辖。
中级人民法院管辖（特定情形）
- 法律依据：
- 《最高人民法院关于审理商标案件有关管辖和法律适用范围问题的解释》第二条规定，商标民事纠纷第一审案件，由中级以上人民法院管辖。各高级人民法院根据本辖区的实际情况，经最高人民法院批准，可以在较大城市确定1-2个基层人民法院受理第一审商标民事纠纷案件。
- 《最高人民法院关于调整地方各级人民法院管辖第一审知识产权民事案件标准的通知》（法发〔2022〕13号）规定，对于诉讼标的额在5亿元以上的商标权纠纷案件，以及涉及驰名商标认定的案件，一般由中级人民法院管辖。
- 说明：在特定情形下，如诉讼标的额较大、案情复杂或涉及驰名商标认定等，商标权纠纷案件可能由中级人民法院管辖。此外，部分经最高人民法院批准的基层人民法院也可受理第一审商标民事纠纷案件。
二、地域管辖
一般规定
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十九条，因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。
- 说明：商标权纠纷案件的地域管辖一般遵循“原告就被告”的原则，即由被告住所地或侵权行为地的人民法院管辖。侵权行为地包括侵权行为实施地和侵权结果发生地。例如，若甲公司在A市生产假冒乙公司注册商标的商品，并在B市销售，则A市（生产地）和B市（销售地）均为侵权行为地，乙公司可选择向A市或B市有管辖权的法院提起诉讼。
特殊规定
- 网络侵权行为：对于通过网络实施的商标侵权行为，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十五条规定，信息网络侵权行为实施地包括实施被诉侵权行为的计算机等信息设备所在地，侵权结果发生地包括被侵权人住所地。因此，在网络商标侵权案件中，原告可以选择在被侵权人住所地提起诉讼。
- 销售者责任：当销售者是制造者的分支机构或受委托加工时，销售行为视为制造行为，原告可在销售地起诉制造者；若销售者与制造者共同侵权，则销售地法院有管辖权。
- 展销会/租赁柜台侵权：因展销会或租赁柜台销售商品导致的商标侵权，原告可向展销会举办地、柜台出租地或销售者/服务者住所地法院提起诉讼。展销会结束后，也可向举办者住所地法院起诉。
三、实际案例说明
假设某公司发现其注册商标在另一城市被一家公司未经授权使用，并生产销售侵权商品。此时，该公司可以选择向侵权行为地（即生产销售侵权商品的城市）的法院提起诉讼，也可以选择向被告住所地（即侵权公司注册地或主要办事机构所在地）的法院提起诉讼。如果侵权行为是通过网络实施的，该公司还可以选择在其住所地（即被侵权人住所地）的法院提起诉讼。
综上所述，商标侵权案件民事纠纷的管辖法院主要依据案件的性质、涉及的地域、被告的住所地以及具体的侵权行为地等因素来确定。在实际操作中，建议根据具体情况选择合适的管辖法院，并咨询专业律师以确保选择正确并维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。