在司法实践中，一个案件涉及两个主体（即两个当事人）的处理方式需根据案件性质、法律关系及程序阶段综合判断，具体可分为以下情形：

1. 民事案件中的共同诉讼或第三人制度

• 必要共同诉讼：若两个主体对诉讼标的具有共同权利义务（如夫妻共同财产纠纷、合伙企业债务纠纷），法院会强制合并审理，要求双方必须共同参与诉讼。例如，债权人起诉夫妻双方要求偿还共同债务时，夫妻作为必要共同被告必须同时应诉。
• 普通共同诉讼：若诉讼标的同类但无共同权利义务（如多个业主分别起诉开发商违约），法院可合并审理以提高效率，但当事人诉讼地位独立。例如，同一小区多名业主因房屋质量问题分别起诉开发商，法院可合并审理但判决结果可能因个体差异而不同。
• 第三人制度：若案件处理结果与第三方有法律利害关系（如保证合同纠纷中债权人仅起诉债务人，债务人可申请追加保证人为第三人），法院可依职权或申请通知第三人参加诉讼，第三人可提出独立请求或辅助一方当事人。

2. 刑事案件中的共同犯罪或独立犯罪

• 共同犯罪：若两个主体共同实施犯罪行为（如共同盗窃、诈骗），检察院会以共同犯罪提起公诉，法院需根据各自作用（主犯/从犯）定罪量刑。例如，甲教唆乙盗窃，甲为主犯、乙为从犯，法院需分别判决但合并审理。
• 独立犯罪：若两个主体分别实施独立犯罪行为（如甲故意伤害乙，丙故意伤害丁），虽可能因同一案由被并案处理，但诉讼程序独立，法院需分别审理并作出判决。例如，聚众斗殴中双方多人互殴，法院可能对每个人单独定罪量刑。

3. 行政案件中的共同被告或第三人

• 共同被告：若两个行政机关共同作出行政行为（如规划局与住建局联合审批建设项目），原告起诉时需将两机关列为共同被告，法院需审查两机关行为的合法性并共同承担举证责任。
• 第三人：若行政行为涉及第三方权益（如政府征收土地，被征收人起诉征收决定，承租人可作为第三人申请参加诉讼），法院可通知第三人参与诉讼，第三人可提出独立主张。

4. 程序性处理原则

• 合并审理：为提高效率、避免矛盾判决，法院可依职权或申请将关联案件合并审理（如同一事实引发的多个民事纠纷）。
• 分别审理：若当事人诉讼地位独立或法律关系复杂，法院可分别审理（如刑事案件中被告人与被害人分别提起附带民事诉讼）。
• 追加当事人：若遗漏必要主体，法院可依职权或申请追加当事人，确保案件事实查清和权利义务明确。

实务建议

1. 明确法律关系：首先需分析两个主体之间的法律关系（共同、连带或独立），以确定诉讼地位。
2. 选择程序策略：根据案件性质选择共同诉讼、第三人参与或分别起诉，以最大化维护权益。
3. 证据准备：针对不同主体的行为分别收集证据，避免混淆事实导致举证不利。

若您有具体案件涉及两个主体，可进一步说明案件类型（民事/刑事/行政）、主体关系及争议焦点，我将结合法律条文和司法实践为您详细分析。