医疗废物集中处置单位两天收运一次医疗废物的法律依据，主要来源于《医疗废物管理条例》的相关规定。具体分析如下：

1. 《医疗废物管理条例》的明确规定：

   • 根据《医疗废物管理条例》第十七条：“医疗废物暂时贮存的时间不得超过2天。医疗废物的集中处置单位，应当遵守下列规定：…（三）每日到医疗卫生机构收集、运送一次医疗废物，或者按照与医疗卫生机构约定的时间收集、运送医疗废物”。从这一条款中可以看出，条例原则上要求医疗废物集中处置单位每日到医疗卫生机构收集、运送医疗废物。但同时，也允许处置单位与医疗卫生机构约定其他收集、运送时间。

2. 约定时间的合法性：

   • 在实际操作中，如果医疗卫生机构与医疗废物集中处置单位基于实际情况（如地理位置、废物产生量、交通状况等）协商一致，并签订相关协议，约定两天收运一次医疗废物，这种约定是合法的，且应受到保护。但需要注意的是，这种约定必须确保医疗废物不会因贮存时间过长而造成环境污染或危害公共健康。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果医疗卫生机构产生的医疗废物量较少，或者由于其他特殊原因（如交通不便、天气恶劣等），导致每日收集、运送不现实，那么两天收运一次也是可以被接受的。但这种情况下，医疗卫生机构和处置单位应确保医疗废物的安全贮存，并采取必要的防护措施，以防止污染和危害的发生。

4. 法律后果与合规建议：

   • 如果医疗废物集中处置单位未按照约定时间或法规要求收集、运送医疗废物，可能会面临行政处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。因此，建议医疗卫生机构和处置单位在签订协议时明确收集、运送的时间、方式等条款，并严格按照约定执行。同时，双方应建立有效的沟通机制，及时应对可能出现的特殊情况，确保医疗废物的安全、合规处理。

总结来说，医疗废物集中处置单位两天收运一次医疗废物的行为，在符合与医疗卫生机构约定且确保医疗废物安全贮存的前提下，是合法的。但双方应严格遵守相关法规要求，确保医疗废物的及时、安全处理。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。