结论：申请人申请再审时已经超期，但法院受理并裁定进入再审，这一行为是否属于程序违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。

分析如下：

1. 再审申请期限的法律规定：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人申请再审，应当在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出；有特定法定情形的，自知道或者应当知道之日起六个月内提出。这是再审申请的一般期限限制。

2. 超期申请再审的后果：

   • 通常情况下，如果当事人未在法定期限内提出再审申请，法院将不再受理其再审请求，因为这涉及到诉讼程序的稳定性和效率问题。

3. 法院受理超期再审申请的可能情况：

   • 特殊情形下的受理：虽然法律设定了再审申请的期限，但在某些特殊情况下，如当事人因不可抗力或其他正当理由耽误期限的，法院可能会根据具体情况决定是否受理其再审申请。这体现了法律对公平正义的追求和对当事人合法权益的保护。
   • 法院内部审查机制：法院在受理再审申请时，会进行初步审查。如果法院认为申请虽然超期，但存在值得进一步审查的法定理由或特殊情况，可能会决定受理并进入再审程序。

4. 程序违法的判断标准：

   • 程序违法通常指的是法院在诉讼过程中违反了法定程序或诉讼规则，损害了当事人的合法权益。在再审申请超期的情况下，如果法院没有合法依据或正当理由而受理并裁定进入再审，那么这一行为可能构成程序违法。
   • 然而，如果法院是基于特殊情形或内部审查机制而决定受理超期再审申请，并且这一决定符合法律的精神和原则，那么这一行为就不应被视为程序违法。

5. 建议与后续行动：

   • 对于当事人而言，如果认为法院受理超期再审申请的行为存在程序违法，可以通过合法途径提出异议或申诉。
   • 同时，当事人也可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和救济途径。

总结来说，申请人申请再审时已经超期，但法院受理并裁定进入再审，这一行为是否属于程序违法，需根据具体情况和法院的受理理由来判断。如果法院有合法依据或正当理由而受理超期再审申请，那么这一行为就不构成程序违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。