在工程总包的付款流程中，关于工程预付款的支付方，这是一个明确且关键的问题。工程预付款是由发包方支付的。

具体来说，工程预付款是在合同签订后，发包方为了帮助承包商（可能是总包方或分包方，但在此问题语境下，我们关注的是预付款的支付源头）解决初期的资金压力，确保工程能够顺利开工，而预先支付的一定比例的资金。这笔资金作为工程的启动资金，对于承包商来说至关重要，它能够帮助承包商及时采购材料、组织施工队伍等，从而保障工程的顺利进行。

此外，工程总包的付款方式并不仅限于预付款，还通常包括按工程进度分阶段支付的进度款、竣工后一次性结算的竣工款，以及在某些特定情况下可能采用的目标结算方式或成本加酬金付款方式等。这些付款方式的选择应根据具体工程项目的特点、规模、工期以及双方的实际情况来灵活确定，并在合同中明确约定付款的具体时间节点、比例、条件以及违约责任等关键条款。

因此，针对您的问题，工程预付款是由发包方支付的，这是为了保障工程的顺利启动和进行而设定的一种付款方式。希望这个解答能够清晰、详细且深入地解答您的疑问。