结论前置：在合同纠纷中，若一方起诉确认合同有效，但合同本身存在法律规定的可撤销情形，法院在审理后是有权撤销该合同的。不过，这需要满足一定的条件和程序。
法律背景与条件：
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同在以下情形下可被撤销：
重大误解：如果合同一方因对合同的性质、对方当事人或标的物的品种、质量、规格、价格、数量等产生错误认识，且这种错误认识导致了其行为的后果与自己的意思相悖，并造成了较大损失，那么该方有权请求法院撤销合同。
欺诈：若一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施了民事法律行为，受欺诈方有权请求法院撤销合同。这包括直接欺诈和第三方欺诈且对方知道或应当知道的情况。
胁迫：如果一方或第三人以给自然人及其近亲属等的人身权利、财产权利以及其他合法权益造成损害，或以给法人、非法人组织的名誉、荣誉、财产权益等造成损害为要挟，迫使其基于恐惧心理作出意思表示，那么受胁迫方有权请求法院撤销合同。
显失公平：当一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平，受损害方也有权请求法院撤销合同。
法院撤销合同的程序：
提起诉讼：当事人认为合同存在上述可撤销情形时，应向有管辖权的法院提起诉讼，并提交起诉状及相关证据材料。
法院审查：法院受理案件后，将依法对当事人提供的证据进行审查，并可能组织庭审，听取双方当事人的陈述和辩论。
判决作出：法院根据审查结果，若认定合同确实符合法定的撤销条件，将作出撤销合同的判决；若不符合撤销条件，则驳回当事人的诉讼请求。
法律效力：撤销合同的判决一旦生效，即具有法律约束力，合同自始没有法律约束力，双方当事人应恢复到合同履行前的状态。
法律建议与后果：
对于起诉方：如果你认为合同存在可撤销情形，并希望法院撤销合同，那么你需要准备充分的证据来证明合同存在上述情形之一。同时，你需要按照法律规定的程序向法院提起诉讼。
对于被起诉方：如果你被起诉要求撤销合同，你需要积极应诉，提供相反的证据来证明合同不存在可撤销情形，或者即使存在某些问题，也不足以导致合同被撤销。
法律后果：如果法院判决撤销合同，那么合同将自始无效，双方当事人需要恢复到合同履行前的状态。这可能涉及到财产的返还、损失的赔偿等问题。因此，在签订合同时，双方应谨慎对待，确保合同内容合法、合规，并充分考虑可能的风险和后果。
举例说明：
假设甲与乙签订了一份买卖合同，但乙在签订合同时故意隐瞒了商品的重要缺陷。甲在发现后，认为乙的行为构成了欺诈，因此向法院提起诉讼，要求撤销该买卖合同。法院在审理过程中，会仔细审查甲提供的关于乙欺诈行为的证据。如果法院认定乙确实存在欺诈行为，且该行为导致了甲的误解和损失，那么法院就会作出撤销合同的判决。判决生效后，甲乙双方的买卖合同即告无效，甲有权要求乙退还货款，并承担相应的法律责任。
综上所述，虽然一方起诉确认合同有效，但如果合同本身存在法律规定的可撤销情形，法院在审理后是有权撤销该合同的。因此，在签订和履行合同时，双方应严格遵守法律规定，确保合同的合法性和有效性。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。