结论：在运输合同中，若因重大误解而订立，当事人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。以下是关于如何撤销因重大误解订立的运输合同的详细解答：

一、确认重大误解的存在

重大误解指的是行为人对行为的性质、对方当事人、标的物的品种、质量、规格和数量等存在错误认识，这种误解导致行为的后果与自己的真实意思相悖，并可能造成较大损失。在运输合同中，这可能涉及对运输货物的性质、数量、运输路线、运输时间等关键要素的误解。确认重大误解是行使撤销权的前提，必须证明误解是对合同主要内容构成重大影响，且是由于对事实的认识错误造成的。

二、行使撤销权的主体与期限

1. 主体：重大误解方，即因误解而做出意思表示的一方，有权行使撤销权。在运输合同中，这通常是托运人或承运人中的一方。

2. 期限：根据《民法典》的规定，当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起九十日内（若法律另有规定或当事人另有约定，则可能有所不同）没有行使撤销权，撤销权消灭。因此，一旦发现存在重大误解，应尽快行使撤销权，以免错过时效。

三、准备证据

为了成功撤销合同，必须提供充分证据证明重大误解的存在：

• 误解事实的证据：如合同文本、运输单据、谈判记录、往来信函等，这些材料能够证明误解的实际情况。
• 误解重大性的证据：如货物损坏报告、运输延误证明等，说明误解对合同目的实现产生了实质性影响。
• 因果关系证据：如会议纪要、内部审批文件等，显示因误解而做出订立合同的决定。

四、选择合适的机构申请撤销

1. 向人民法院提起诉讼：提交起诉状和证据材料至有管辖权的法院，明确诉讼请求为撤销合同，并详细阐述重大误解的情况。法院将按法定程序审理并最终作出判决。

2. 向仲裁机构申请仲裁：若运输合同中约定了有效的仲裁条款，则可向约定的仲裁机构提交仲裁申请书及证据材料。仲裁机构将根据仲裁规则进行审理并作出裁决。

五、法律后果

合同被撤销后，自始没有法律约束力，即视为从未成立。因此：

• 财产返还：因该合同取得的财产应予返还；不能返还或无需返还的，应折价补偿。在运输合同中，这可能涉及货物的返还或运输费用的退还。
• 损失赔偿：有过错的一方应赔偿对方因此所受的损失；双方均有过错的，各自承担相应责任。这包括因误解而产生的额外费用、货物损坏或丢失的赔偿等。

六、实际操作建议

1. 及时沟通：在发现重大误解后，首先尝试与对方沟通，看是否能够通过协商解决纠纷，避免不必要的法律程序。

2. 保留证据：在整个过程中，务必保留好所有与合同订立、履行及误解相关的证据材料，以备不时之需。

3. 寻求专业帮助：在处理此类复杂法律问题时，建议咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。作为赵晓荣律师，我擅长处理刑事辩护和合同纠纷领域的问题，你可以直接向我咨询。

综上所述，因重大误解订立的运输合同是可以通过法律途径申请撤销的。关键在于确认误解的存在、及时行使权利、提供充分证据并选择合适的解决方式。希望这些解答能对你有所帮助。