若支付令发出后被申请人主动还钱，申请人可按以下步骤办理：

1. 确认还款事实并保留证据
   首先需核实被申请人是否已全额履行还款义务，包括本金、利息、违约金等支付令载明的全部款项。建议通过银行转账记录、收条、书面还款协议等书面形式固定还款事实，避免口头还款引发争议。若被申请人分期还款，需明确每期金额及还款期限，并要求其出具书面承诺。

2. 向法院提交结案申请
   根据《民事诉讼法》第217条，支付令生效后，债务人履行债务的，申请人应向发出支付令的法院提交《结案申请书》，附上还款证据（如转账凭证、收条等），申请终结督促程序。法院审查确认后，会出具《结案通知书》，支付令程序正式终止。

3. 处理后续执行问题（如涉及）
   若申请人已基于支付令申请强制执行（如法院已冻结被申请人财产），需在结案后向执行法院提交《撤销执行申请书》，申请解除对被申请人财产的查封、扣押、冻结等措施。若还款存在争议（如部分还款、利息计算分歧），可与被申请人协商补充协议，或通过诉讼确认债权消灭。

特殊情形处理：

• 部分还款：若被申请人仅偿还部分款项，申请人可拒绝接受并要求全额履行，或协商变更支付令内容（需重新申请支付令或通过诉讼解决）。
  
• 还款后反悔：若被申请人主张还款系受胁迫或存在重大误解，需在法定期限内（通常为1年）向法院申请撤销支付令，申请人需准备反驳证据（如还款自愿性证明）。
  

风险提示：
支付令生效后，若被申请人未在15日内提出书面异议且未履行还款义务，申请人可直接申请强制执行。但若被申请人已还款却未留存证据，可能导致后续执行回转风险（如被申请人主张已还款但无证据，法院可能继续执行）。建议全程通过书面形式固定还款过程，必要时委托律师协助处理结案手续。

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