有限公司设立后新签订的股权协议，在符合法律法规和公司章程规定的前提下，通常是有效的。以下是对此问题的详细分析：

一、股权协议的有效性基础

1. 意思表示真实：股权协议的双方（通常是股东之间或股东与公司之间）必须基于真实的意思表示签订协议，不存在欺诈、胁迫等情形。
2. 内容合法合规：股权协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，股权转让不得损害公司、其他股东或债权人的利益。
3. 程序合规：股权协议的签订和履行必须遵循公司章程和公司法的相关规定。例如，股东之间转让股权可能需要经过其他股东过半数同意，并书面通知其他股东征求同意。

二、影响股权协议有效性的因素

1. 公司章程的限制：公司章程是公司的“宪法”，对股东具有约束力。如果公司章程对股权转让有特别规定（如限制转让条件、优先购买权等），则股权协议必须遵守这些规定，否则可能因违反公司章程而无效。
2. 股东会或董事会的决议：在某些情况下，股权转让可能需要经过股东会或董事会的决议。如果未经决议或决议未通过，股权协议可能无法履行或被视为无效。
3. 工商变更登记：虽然工商变更登记不是股权协议生效的要件，但它是股权转让完成的重要标志。如果未进行工商变更登记，可能影响股权转让的对外效力，但不影响股权协议在股东之间的内部效力。

三、股权协议无效或可撤销的情形

1. 无效情形：如果股权协议违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，则协议无效。例如，以欺诈、胁迫手段订立的股权协议，损害国家利益的股权协议等。
2. 可撤销情形：如果股权协议存在重大误解、显失公平或欺诈、胁迫等情形，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销协议。撤销后，协议自始无效。

四、实践建议与操作指南

1. 审查公司章程：在签订股权协议前，务必审查公司章程对股权转让的规定，确保协议内容符合公司章程的要求。
2. 履行内部程序：根据法律法规和公司章程的规定，履行必要的内部程序（如股东会或董事会决议、其他股东同意等）。
3. 签订书面协议：股权转让应当签订书面协议，明确双方的权利义务、转让条件、违约责任等。
4. 办理工商变更登记：股权转让完成后，及时办理工商变更登记手续，确保股权转让的对外效力。

举例说明：假设A、B、C三人共同设立了一家有限公司，并签订了公司章程。后来，A希望将其持有的部分股权转让给D。在此情况下，A和D需要签订股权转让协议，并确保协议内容符合公司章程和公司法的规定。如果公司章程规定股东之间转让股权需要经过其他股东过半数同意，则A需要事先获得B和C的同意。获得同意后，A和D可以签订股权转让协议，并办理工商变更登记手续。

总结与建议：有限公司设立后新签订的股权协议在符合法律法规和公司章程规定的前提下是有效的。为确保股权协议的合法性和有效性，建议在签订前仔细审查公司章程、履行必要的内部程序、签订书面协议并及时办理工商变更登记手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。