在诉讼期间，如果被告恶意注销被起诉的主体公司，将可能承担一系列不利的法律后果。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 诉讼程序受阻与恢复：

   • 诉讼程序的中断：被告注销公司可能导致正在进行的诉讼程序因诉讼主体消失而面临中断。这通常意味着原告需要重新寻找合适的诉讼主体或采取其他法律措施来继续推进案件。
   • 诉讼主体的恢复：在特定情况下，如公司注销后存在未了结的债权债务关系，法院可能根据相关法律规定，允许或要求公司的股东、发起人或出资人作为诉讼主体继续参与诉讼，以保障原告的合法权益。

2. 恶意注销的法律责任：

   • 行政责任：如果被告在注销公司过程中存在违法行为，如未依法进行清算、未通知债权人等，相关行政机关可能对其处以罚款、吊销营业执照等行政处罚。
   • 民事责任：被告恶意注销公司可能构成对原告合法权益的侵害，原告有权要求被告承担相应的民事责任，包括赔偿损失等。在司法实践中，法院可能会根据具体情况，判决被告的股东、发起人或出资人在一定范围内承担连带责任。

3. 具体法律后果的举例：

   • 假设案例：假设原告因合同纠纷将被告公司诉至法院，在诉讼过程中，被告公司恶意注销以逃避法律责任。此时，法院可能会根据《公司法》及相关司法解释的规定，认定被告公司的注销行为无效或可撤销，并恢复诉讼程序。同时，法院可能会判决被告公司的股东、发起人或出资人承担连带责任，赔偿原告因被告公司注销而遭受的损失。
   • 法律条款依据：根据《公司法》第一百八十三条：“公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。”以及相关司法解释中关于公司注销后债权债务处理的规定，被告恶意注销公司可能面临上述法律后果。

4. 建议与措施：

   • 及时采取法律措施：如果原告发现被告在诉讼期间恶意注销公司，应立即向法院报告，并请求法院采取相应措施，如恢复诉讼程序、追加诉讼主体等。
   • 收集证据：原告应积极收集被告恶意注销公司的相关证据，如注销公告、清算报告（如有）、股东会决议等，以证明被告的恶意行为。
   • 咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，原告应咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。

综上所述，被告在诉讼期间恶意注销被起诉的主体公司将可能承担诉讼程序受阻、行政责任、民事责任等一系列不利的法律后果。因此，建议被告应遵守法律法规，诚信参与诉讼；同时，原告也应积极采取法律措施，维护自己的合法权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。