结论：乙方当然可以对甲方草拟的协议进行修改，但修改需遵循一定的法律原则和程序，且修改后的协议需经双方协商一致才能生效。
详细分析：
协议修改的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，合同的内容应当由双方共同协商确定。因此，乙方作为合同的一方，有权对甲方草拟的协议提出修改意见。
修改的原则：
- 合法性原则：乙方提出的修改意见必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
- 公平性原则：修改后的协议内容应当公平合理，不得损害一方的合法权益，也不得显失公平。
- 协商一致原则：乙方提出的修改意见需要与甲方进行协商，并达成一致意见后，才能对协议进行修改。
修改的程序：
- 提出修改意见：乙方在仔细阅读甲方草拟的协议后，可以根据自身需求和实际情况，提出具体的修改意见。
- 协商与沟通：乙方应与甲方就修改意见进行充分的协商和沟通，解释修改的原因和必要性，争取甲方的理解和同意。
- 达成一致并签署：如果双方就修改意见达成一致，那么应当对协议进行相应的修改，并由双方重新签署确认。
修改后的协议效力：
- 修改后的协议，只要符合法律法规的规定，且是双方真实意思的表示，那么就具有法律效力，对双方均具有约束力。
- 如果修改后的协议存在违法或显失公平的情况，那么可能面临被撤销或无效的风险。
法律建议：
- 在对甲方草拟的协议进行修改前，乙方应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务，以及可能存在的风险。
- 乙方在提出修改意见时，应尽量明确、具体，并给出合理的解释和依据，以便与甲方进行有效的协商和沟通。
- 如果双方对修改意见存在分歧，且无法达成一致，那么乙方可以考虑寻求法律途径解决争议，如通过调解、仲裁或诉讼等方式。
可能后果：
- 如果乙方未经甲方同意擅自修改协议，并签署确认，那么可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。
- 如果修改后的协议存在违法或显失公平的情况，那么可能面临被撤销或无效的风险，导致乙方的权益无法得到保障。
总之，乙方有权对甲方草拟的协议进行修改，但必须遵循法律原则和程序，确保修改后的协议合法、公平、有效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。