市场监督管理部门对妨害药品管理罪相关行为的处罚，主要依据《中华人民共和国药品管理法》及相关法规，结合具体违法情节实施行政处罚；若构成犯罪，则移交公安机关追究刑事责任。以下是具体分析：

一、市场监督管理部门的行政处罚权限

市场监督管理部门（原食品药品监督管理局）对妨害药品管理但尚未构成犯罪的行为，有权依据《药品管理法》实施行政处罚，常见处罚措施包括：

1. 警告与责令改正
   对轻微违法行为（如未按规定储存药品、未建立药品追溯制度等），可先责令限期改正并给予警告。

2. 没收违法所得与物品
   对生产、销售假药、劣药或未取得药品批准证明文件生产、进口药品的，没收违法所得、违法生产的药品和用于违法生产的工具、设备、原材料等。

3. 罚款

   • 一般情节：违法生产、销售药品货值金额不足10万元的，处150万-300万元罚款；货值金额10万元以上的，处货值金额15-30倍罚款。
     
   • 严重情节：如生产、销售的劣药造成人身伤害后果，或经处理后再犯的，罚款幅度可能提升至货值金额30倍。

4. 吊销许可证
   对情节严重的违法行为（如多次违法、造成严重后果等），可吊销药品生产许可证、药品经营许可证或医疗机构制剂许可证。

5. 行业禁入
   对法定代表人、主要负责人等，可采取行业禁入措施（如10年内禁止从事药品生产经营活动）。

二、构成犯罪时的移送与刑事处罚

若行为同时触犯《刑法》第142条之一妨害药品管理罪（如生产、销售国务院药品监督管理部门禁止使用的药品，或未取得药品相关批准证明文件生产、进口药品且情节严重），市场监督管理部门需将案件移送公安机关，由司法机关追究刑事责任。刑事处罚包括：

1. 基本刑：处3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。
   
2. 加重情节：对人体健康造成严重危害或有其他严重情节的，处3-7年有期徒刑，并处罚金。

三、市场监管与刑事处罚的衔接

1. 行刑衔接机制：市场监督管理部门在查处违法行为时，若发现涉嫌犯罪，需在24小时内将案件移送公安机关，并抄送同级人民检察院。
   
2. 证据转化：行政执法中收集的物证、书证、视听资料等证据，经公安机关审查符合要求的，可用于刑事诉讼。
   
3. “两法衔接”平台：通过信息共享平台实现案件移送、受理、立案等环节的电子化跟踪，确保处罚无缝衔接。

四、典型案例参考

• 案例1：某公司未取得药品批准证明文件生产“特效药”，市场监管部门查处后发现货值金额达50万元，且部分药品导致患者轻微不适。最终公司被罚款1500万元，主要负责人被移送司法机关，判处拘役6个月。
  
• 案例2：药店销售过期药品，市场监管部门没收违法所得并罚款10万元，因未造成严重后果，未移送刑事程序。

提示：若您或您的企业涉及药品生产、经营，建议严格遵守《药品管理法》及GMP/GSP规范，避免因程序瑕疵或质量缺陷引发行政或刑事风险。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我将结合细节提供进一步分析。