合同条款可以这样设计：

在合同中关于付款与发票的条款部分，可以明确表述如下：

“付款条件与发票提供：

1. 发票提供义务：乙方应在每次请求甲方付款前，向甲方提供与请求付款金额等额的、合法有效的增值税专用发票（或其他约定类型的发票）。乙方提供的发票必须符合国家税收法律法规的相关规定，且内容真实、准确、完整。

2. 发票不作为付款凭证：双方明确，乙方提供的发票仅作为甲方财务记账及税务处理的依据，不作为甲方已支付对应款项的凭证。甲方是否完成付款，应以甲方实际支付至乙方指定账户的资金到账记录或双方确认的付款确认书为准。

3. 付款流程：甲方在收到乙方提供的合格发票后，应按照合同约定的付款期限和方式，将款项支付至乙方指定的银行账户。如因乙方提供的发票不符合规定或存在其他问题导致甲方无法及时付款的，甲方不承担任何违约责任，且付款期限相应顺延至乙方提供合格发票之日起计算。

4. 违约责任：若乙方未按本合同约定提供发票，或提供的发票不符合规定，导致甲方无法及时进行税务处理或产生其他损失的，乙方应承担相应的赔偿责任，并赔偿甲方因此遭受的全部损失。”

条款解析：

• 发票提供义务：明确了乙方在请求付款前需提供等额有效发票的义务，以及发票的合法性和合规性要求。
• 发票不作为付款凭证：通过此条款，双方明确发票仅作为财务和税务处理的依据，不直接证明付款事实，避免了因发票与付款时间不一致可能产生的纠纷。
• 付款流程：规定了甲方在收到合格发票后的付款流程，以及因乙方原因导致付款延迟时的处理方式。
• 违约责任：设定了乙方未按约定提供发票或发票不符合规定时的违约责任，保障了甲方的合法权益。

这样的条款设计既符合商业惯例，又能够有效规避潜在的法律风险，确保双方权益得到充分保障。如有其他具体需求或疑问，欢迎继续向我咨询。