违约金的扣除方式主要取决于合同约定和法律规定，具体分为以下几种情况：

1. 合同有明确约定
   若合同中明确约定了违约金的计算方式（如按合同金额的百分比、固定金额或按实际损失计算），则直接按合同约定执行。例如：

   • 合同约定“逾期付款需按日支付未付金额0.1%的违约金”，则按实际逾期天数计算；
     
   • 合同约定“违约方需支付合同总价20%的违约金”，则直接按总价比例扣除。
     注意：若违约金过高或过低，违约方可请求法院或仲裁机构调整（如《民法典》第585条）。

2. 合同未约定违约金，但约定了损失赔偿
   若合同未明确违约金，但约定了违约方需赔偿实际损失，则需举证损失金额（如差价损失、额外支出等），由法院或仲裁机构根据证据认定赔偿范围。

3. 合同既未约定违约金，也未约定损失赔偿
   此时可依据《民法典》第584条，以违约造成的实际损失为限要求赔偿，包括合同履行后可获得的利益（如预期利润），但需提供充分证据。

关键提醒：

• 违约金与赔偿损失不能同时主张（除非合同另有约定）；
  
• 若违约金不足以覆盖实际损失，可要求增加；若过高，违约方可要求减少；
  
• 具体操作需结合合同条款、行业惯例及实际损失情况综合判断。
  

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