职务侵占罪中财产升值的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 升值部分是否计入犯罪数额
   根据《刑法》及相关司法解释，职务侵占罪的犯罪数额以“实际侵占的财物价值”为准。若财产在侵占后自然升值（如股票上涨、房产增值），升值部分通常不计入犯罪数额，但需以侵占时的市场价值为基准认定犯罪金额。例如，行为人侵占公司股票时价值100万元，后股票涨至200万元，犯罪数额仍按100万元计算，但升值部分可能作为量刑情节（如退赃意愿）影响刑罚轻重。

2. 行为人主动处置财产导致升值
   若行为人通过积极行为（如投资、经营）使财产增值，升值部分可能被认定为违法所得的延续收益，需一并追缴。例如，行为人将侵占的公司资金用于炒股获利，其本金属于犯罪数额，盈利部分需作为违法所得返还被害单位；若无法返还，可能面临更重的罚金处罚。

3. 财产贬值或灭失的处理
   若财产因市场风险贬值或灭失（如股票暴跌、房产毁损），行为人仍需以侵占时的价值承担退赔责任。例如，侵占时房产价值500万元，后因火灾灭失，行为人仍需向公司赔偿500万元（若其有赔偿能力）。

实务建议：

• 对被害单位而言，应及时固定财产侵占时的价值证据（如审计报告、资产评估），避免因市场波动影响权益主张。
  
• 对行为人而言，若财产已升值，主动退赔全部价值（包括本金和自然增值部分）可争取从宽处理；若因处置财产获利，需如实申报收益，否则可能构成“拒不退赔”的加重情节。
  

法律依据：

• 《刑法》第271条（职务侵占罪）
  
• 《最高人民法院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》第11条（犯罪数额认定规则）
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据链和司法实践为你分析。