合作协议自动续约条款在符合法律规定且双方意思表示真实的情况下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
法律背景与有效性条件
意思表示真实：自动续约条款作为合同的一部分，其有效性首先取决于双方当事人在签订合同时的意思表示是否真实。如果双方均明确同意在合作期限届满后自动续约，并且这一意愿在合同中得到了清晰、准确的表达，那么该条款就是有效的。
不违反法律强制性规定：自动续约条款不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，如果合同涉及特定行业的监管要求，或者自动续约条款本身存在不公平、不合理的内容（如无限期自动续约、续约条件过于苛刻等），则可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
合同形式合法：根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。对于合作协议及其自动续约条款，只要它们符合法律规定的合同形式要求（如书面形式、双方签字或盖章等），并且没有违反法律强制性规定，就是有效的。
实际应用中的注意事项
明确续约条件：为了避免未来可能出现的纠纷，双方在签订合作协议时，应尽可能明确自动续约的具体条件，如续约期限、续约费用、续约通知方式等。这样可以在合作期限届满时，有明确的依据来判断是否自动续约。
及时沟通与确认：尽管合同中规定了自动续约条款，但双方仍应在合作期限届满前进行及时沟通与确认。这有助于确保双方对续约事宜有共同的理解，并避免因误解或疏忽而导致的纠纷。
关注合同变更与解除：在合作过程中，如果双方的情况发生了变化，或者需要对合作协议进行修改或补充，应及时进行协商并签订书面协议。同样地，如果一方希望解除合作协议或不再续约，也应按照合同约定的方式或法律规定的方式提前通知对方。
可能的法律后果
如果自动续约条款有效：在合作期限届满后，如果双方没有提出异议或按照约定进行了续约操作，那么合作协议将继续有效，双方应继续履行各自的义务。
如果自动续约条款无效：如果自动续约条款因违反法律强制性规定或双方意思表示不真实等原因而被认定为无效，那么在合作期限届满后，合作协议将终止。此时，双方应根据合同约定或法律规定处理后续事宜，如结算费用、返还财产等。
在实际操作中，我建议双方在签订合作协议时务必谨慎对待自动续约条款，确保其内容合法、明确且符合双方的真实意愿。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。