结论：车贷逾期后，即使自动扣款偿还了逾期本金，通常仍需支付逾期利息，但具体是否扣除及扣除方式需依据贷款合同条款确定。以下从不同角度详细分析：
一、逾期利息的法律依据与合同约定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关金融法规，借款人未按约定日期还款的，应当按照约定或国家有关规定支付逾期利息。这是法律对借款人逾期还款行为的一种惩罚性措施，旨在保护贷款人的合法权益。
合同约定：
- 车贷合同中通常会明确约定逾期利息的计算方式和支付条件。这些条款是双方协商一致的结果，具有法律约束力。因此，在车贷逾期后，即使自动扣款偿还了逾期本金，借款人仍需按照合同约定支付逾期利息。
二、自动扣款与逾期利息的关系
自动扣款的作用：
- 自动扣款是贷款人为了方便借款人还款而设置的一种还款方式。当借款人账户中有足够资金时，贷款人会按照约定自动从借款人账户中扣划还款金额。然而，自动扣款通常只针对逾期本金进行扣划，并不直接涉及逾期利息的支付。
逾期利息的支付：
- 逾期利息的支付通常需要借款人主动进行，或者根据贷款合同的约定，在后续还款中一并支付。如果贷款合同中明确规定了逾期利息的支付方式和时间，借款人应当按照约定履行支付义务。
三、不同情况下的处理方式
合同中有明确约定：
- 如果车贷合同中明确规定了逾期利息的计算方式和支付条件，借款人应当按照合同约定支付逾期利息。即使自动扣款已经偿还了逾期本金，借款人仍需在后续还款中支付逾期利息。
合同中未明确约定：
- 如果车贷合同中未明确规定逾期利息的计算方式和支付条件，或者规定不明确，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款人仍需支付逾期利息，但具体利率和计算方式可能需要根据实际情况进行协商或由法院裁定。
特殊情况处理：
- 在某些特殊情况下，如借款人因不可抗力因素导致逾期还款，且能够提供相关证明材料的，贷款人可能会根据实际情况对逾期利息进行减免或调整。但这需要借款人主动与贷款人进行沟通协商，并达成一致意见。
四、法律建议与风险提示
仔细阅读合同条款：
- 借款人在签订车贷合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于逾期利息的计算方式和支付条件的约定。确保自己清楚了解并同意合同内容，避免后续产生纠纷。
及时沟通协商：
- 如果借款人因特殊原因导致逾期还款，且担心逾期利息的支付问题，建议及时与贷款人进行沟通协商。说明自己的实际情况和困难，争取贷款人的理解和支持。
保留相关证据：
- 借款人在还款过程中，应当保留好相关还款凭证和沟通记录等证据。以便在后续产生纠纷时，能够证明自己的还款情况和与贷款人的沟通情况。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。