刑事案件调档时，当事人应采取以下措施以保障自身权益：

1. 了解调档程序与目的
   刑事案件调档通常由公安机关、检察机关或法院根据办案需要发起，目的是调取与案件相关的证据材料或补充侦查。当事人需明确调档主体（如哪个机关）及调档范围（如调取哪些证据），以便判断调档是否合法合规。若调档程序存在瑕疵（如未出具合法手续），当事人有权提出异议。

2. 核实调档合法性
   根据《刑事诉讼法》及相关规定，调取证据需严格履行法定程序。当事人可要求调档机关出示调取证据通知书、工作证件等文件，确认调档行为是否符合以下条件：

   • 调档主体具有管辖权；
     
   • 调档目的与案件直接相关；
     
   • 调档范围未超出必要限度。
     若调档行为违法，当事人可向调档机关的上级部门或同级检察院提出书面申诉。

3. 配合调档与保护隐私的平衡
   当事人有义务配合司法机关的合法调档要求，但同时享有隐私权保护。若调档涉及个人隐私（如通信记录、医疗记录等），当事人可要求调档机关采取保密措施，并监督其使用范围。若调档内容与案件无关，当事人有权拒绝提供，并可申请排除非法证据。

4. 利用调档材料维护权益
   调档过程中，当事人或其辩护律师可申请查阅、复制调取的证据材料。根据《刑事诉讼法》第40条，辩护律师自案件移送审查起诉之日起，可查阅、摘抄、复制案卷材料。当事人可通过律师分析调档材料，发现对己方有利的证据或程序瑕疵，为后续辩护或申诉提供依据。

5. 应对调档中的程序违法
   若调档过程中存在程序违法（如超期调档、未告知权利等），当事人可采取以下措施：

   • 书面异议：向调档机关提交书面异议，要求说明调档理由并纠正违法行为；
     
   • 申请排除非法证据：在庭审阶段，若调取的证据因程序违法被认定为非法，可申请法院排除该证据；
     
   • 投诉举报：向同级检察院或上级机关投诉调档机关的违法行为。

总结：刑事案件调档时，当事人应首先核实调档的合法性，配合合法调档要求的同时保护个人隐私，并通过调档材料积极维护自身权益。若发现程序违法，应及时通过书面异议、申请排除证据或投诉举报等方式救济。如有具体案件疑问，可直接向我咨询。