结论：在永久基本农田内打井并非绝对违法或合法，而是需要根据具体情况和法律法规来判断。若打井行为符合相关法律法规规定，且经过法定审批程序，用于农业生产活动，则通常是合法的；反之，若未经审批或改变用途，则属于违法行为。
合法情形
农业生产用途：
- 在永久基本农田上打井，如果其目的是用于农田的灌溉等农业生产活动，并且符合相关规划和技术要求，那么这种行为在获得当地农业农村部门、水利部门等相关部门的批准后是可以实施的。
- 例如，某农户为了灌溉其承包的永久基本农田，向当地水利部门申请打井，并获得了批准。该农户按照批准的要求进行打井，并用于农田灌溉，这种行为就是合法的。
少量取水免许可：
- 农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水，或者为家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水，根据相关规定，是不需要申请领取取水许可证的。
- 在这种情况下，如果打井取水是为了满足家庭生活或少量畜禽饮用的需要，且取水量不大，那么这种打井行为也是合法的。但需要注意的是，这种免许可的情况通常适用于取水量较小且用途特定的情形。
违法情形
未经审批擅自打井：
- 任何未经相关部门许可，私自在永久基本农田上打井的行为都是违法的。这不仅可能破坏基本农田的耕作层，还可能对周边水资源和生态环境造成不良影响。
- 例如，某农户未经批准，私自在永久基本农田上打了一口井，用于灌溉其非法占用的土地或进行其他非农活动。这种行为就是违法的，可能会面临行政处罚甚至刑事责任。
改变用途打井：
- 在永久基本农田上打井并非用于农业生产，而是用于其他非农建设目的（如为了开办工厂提供用水等），这严重违反了基本农田保护制度，是明确禁止的。
- 例如，某企业为了在其工厂内提供用水，未经批准在附近的永久基本农田上打了一口井。这种行为不仅违法，还可能对基本农田造成永久性损害。
超范围取水：
- 即使打井行为本身合法，但如果取水量超出了规定的范围，或者将所取之水用于其他商业用途，而未依法申请取水许可证并缴纳相应的水资源费，那么也将面临法律责任。
- 例如，某农户虽然获得了打井的批准，但取水量远超过了批准的范围，或者将所取之水出售给了其他企业或个人。这种行为就是违法的，可能会面临罚款或其他行政处罚。
总结与建议
在永久基本农田上打井前，必须充分了解并遵守当地的法律法规和相关部门的管理规定。建议在进行打井行为前，先咨询当地农业农村部门、水利部门等相关机构，了解具体的审批流程和要求，确保打井行为的合法性与合理性。同时，也应注意保护基本农田的耕作层和周边环境，避免对水资源和生态环境造成损害。
如果您在永久基本农田打井方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。