结论：公司是否承担责任，取决于职工的行为是否构成表见代理或是否属于职务行为，以及公司是否存在过错等因素。以下从不同角度进行分析：
一、表见代理角度
- 表见代理的构成：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百七十二条：“行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。”在内部职工承包工程的情况下，如果职工以公司名义与材料商打交道，且材料商有理由相信该职工有代理权（例如职工持有公司公章、合同书、授权委托书等能够证明其代理权的文件，或者公司之前有类似交易习惯等），那么职工的行为可能构成表见代理。
- 举例：假设职工在承包工程期间，一直以公司项目经理的身份与材料商联系，且持有公司盖章的采购合同模板，材料商基于这些情况有理由相信职工有权代表公司采购材料并签字确认债务，那么此时职工的行为就可能构成表见代理。
- 公司的责任：
- 如果构成表见代理，公司需要承担职工与材料商之间合同所产生的法律后果，即公司需要向材料商支付材料款等费用。公司承担责任后，可以根据内部承包合同等约定向职工追偿。
二、职务行为角度
- 职务行为的认定：
- 如果职工的行为属于职务行为，即职工在承包工程过程中，为了完成公司的工程任务而进行的与工程相关的采购等行为，且该行为在其职责范围内或者得到公司的授权或认可，那么公司应当承担相应的法律责任。
- 举例：职工作为公司内部承包工程的负责人，公司明确授权其可以代表公司采购工程所需材料，那么职工在采购材料并签字确认债务的行为就属于职务行为。
- 公司的责任：
- 对于职务行为，公司应当承担职工与材料商之间合同所产生的法律后果。同样，公司承担责任后，可以根据内部承包合同等约定向职工追偿。
三、公司过错角度
- 公司过错的表现：
- 如果公司存在过错，例如对职工的代理权管理不善，导致职工能够轻易获取公司公章、合同书等文件并以此进行欺诈行为；或者公司对职工的职务行为没有进行有效的监督和管理，导致职工滥用职权等，那么公司可能需要承担相应的法律责任。
- 公司的责任：
- 在公司存在过错的情况下，即使职工的行为不构成表见代理或职务行为，公司也可能因为自身的过错而需要承担一定的赔偿责任。这种赔偿责任的大小和范围需要根据具体情况进行判断和确定。
四、建议
- 对于公司：
- 完善内部管理制度，加强对职工代理权和职务行为的管理和监督，防止职工滥用职权或进行欺诈行为。
- 在与材料商等第三方进行交易时，明确交易主体和责任归属，避免产生不必要的法律纠纷。
- 对于材料商：
- 在与职工进行交易时，要谨慎审查职工的代理权和职务行为，要求职工提供有效的授权文件或公司证明等文件。
- 在签订合同时，要明确合同主体和责任归属，避免因为职工的个人行为而承担不必要的法律风险。
如有更多细节或疑问，可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你进一步分析。