违法进行土地登记后所发证件应依法撤销或确认无效，并视情况追究相关人员责任，同时对利害关系人进行权利救济。具体分析如下：
证件的撤销或确认无效
- 撤销情形：若土地登记行为存在程序违法（如未依法公告、未实地核查等）或实体违法（如登记资料虚假、登记面积与实际不符等），且该违法行为直接影响了登记结果的合法性，利害关系人可向登记机构申请撤销该登记，或通过行政诉讼途径请求法院判决撤销。登记机构在发现自身登记行为违法时，也应主动撤销。
- 确认无效情形：若土地登记行为存在重大且明显的违法（如无权登记、超越职权登记等），导致登记结果自始无效，利害关系人可请求法院确认该登记行为无效。
相关人员责任的追究
- 行政责任：对于违法进行土地登记的工作人员，若其行为构成违纪，可由其所在单位或上级机关给予行政处分，如警告、记过、降级、撤职等。
- 刑事责任：若工作人员的违法行为构成犯罪（如滥用职权罪、玩忽职守罪等），应依法追究其刑事责任。
- 民事责任：若工作人员的违法行为给利害关系人造成损失，利害关系人可依法要求其承担民事赔偿责任。
利害关系人的权利救济
- 行政复议：利害关系人对土地登记行为不服的，可依法向登记机构的上级机关或同级人民政府申请行政复议。
- 行政诉讼：利害关系人也可直接向人民法院提起行政诉讼，请求法院撤销或确认无效违法登记行为，并要求赔偿损失。
- 国家赔偿：若登记机构的违法行为给利害关系人造成损失，且该行为已被确认违法，利害关系人可依法申请国家赔偿。
建议行动步骤：
- 收集证据：利害关系人应收集与土地登记行为相关的所有证据，包括登记资料、现场照片、证人证言等，以证明登记行为的违法性。
- 咨询律师：在采取任何法律行动前，建议咨询专业律师，以评估案件的可行性和风险，并制定合适的法律策略。
- 依法维权：根据律师的建议，选择合适的法律途径（如行政复议、行政诉讼或国家赔偿）来维护自己的合法权益。