结论：单位因经营困难扣除绩效工资是否合法，需根据具体情况判断，包括劳动合同、规章制度、扣除比例及原因等因素。以下从不同角度详细分析：
一、劳动合同与规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了绩效工资的发放条件、标准以及扣除情形，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么单位在经营困难时，按照合同约定扣除绩效工资，通常是合法的。
规章制度规定：
- 如果单位有完善的规章制度，且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向劳动者进行了公示或告知，其中明确规定了经营困难时可以扣除绩效工资的情形和比例，那么单位依据该制度扣除绩效工资，也是合法的。
二、扣除比例与原因的角度
扣除比例合理：
- 即使劳动合同或规章制度中允许扣除绩效工资，扣除的比例也应当合理。如果扣除比例过高，严重影响了劳动者的基本生活，那么这种扣除可能被视为不合法。一般来说，扣除后的工资不得低于当地的最低工资标准。
经营困难的真实性与必要性：
- 单位必须证明其确实存在经营困难，且扣除绩效工资是出于必要。如果单位无法提供充分的证据证明其经营困难，或者扣除绩效工资并非出于必要，那么这种扣除可能被视为不合法。
三、法律后果与维权建议
法律后果：
- 如果单位非法扣除绩效工资，劳动者有权要求单位补发被扣除的工资，并可能要求单位支付经济补偿金或赔偿金。具体数额需根据劳动者的实际损失和单位的违法程度来确定。
维权建议：
- 与单位协商：首先，劳动者可以尝试与单位进行协商，要求单位说明扣除绩效工资的原因和依据，并争取达成和解。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对单位的违法行为进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求单位补发被扣除的工资，并可能要求单位支付经济补偿金或赔偿金。
四、实际案例参考
- 在实际案例中，法院通常会综合考虑劳动合同、规章制度、扣除比例、经营困难的真实性与必要性等因素，来判断单位扣除绩效工资是否合法。例如，如果单位能够提供充分的证据证明其确实存在经营困难，且扣除比例合理，那么法院可能会支持单位的扣除行为；反之，如果单位无法提供充分证据或扣除比例过高，那么法院可能会判决单位补发被扣除的工资，并可能要求单位支付经济补偿金或赔偿金。
总结与建议：单位因经营困难扣除绩效工资是否合法，需根据具体情况判断。作为劳动者，如果遇到单位非法扣除绩效工资的情况，建议首先与单位进行协商，协商无果后再考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。同时，劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的权益和义务，以便在遇到问题时能够及时维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。