结论：在项目设计中标及合同签订都是总公司的情况下，最终工程资料上盖分公司章是否可行，需根据具体情况判断，一般而言，若分公司有总公司明确授权或法律、合同有特别规定，则可能可行；若无授权或规定，则可能存在法律风险。以下从不同角度详细分析：
一、分公司盖章的法律效力
分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但在总公司的授权范围内，可以从事一定的民事活动。关于分公司盖章的法律效力，关键在于分公司是否有权代表总公司进行相关民事行为，以及该行为是否在总公司的授权范围内。
有授权的情况：
- 如果总公司明确授权分公司可以代表其在工程资料上盖章，或者授权分公司处理与该项目相关的具体事务，那么分公司盖章的行为在法律上应被视为有效。
- 在这种情况下，分公司盖章的工程资料对总公司具有约束力，可以作为项目验收、结算等环节的依据。
无授权的情况：
- 如果总公司没有明确授权分公司可以在工程资料上盖章，或者分公司超越了总公司的授权范围进行盖章，那么该行为可能构成无权代理或越权代理。
- 在这种情况下，分公司盖章的工程资料可能无法对总公司产生约束力，甚至可能引发法律纠纷，如合同无效、违约责任等。
二、合同及法律规定的考量
合同约定：
- 如果项目设计合同或相关协议中明确规定了工程资料的盖章要求，如必须由总公司盖章或特定人员签字等，那么分公司盖章可能违反合同约定，导致合同无效或违约。
- 因此，在签订合同时，应明确约定工程资料的盖章要求，以避免后续纠纷。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》等相关法律法规，分公司不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。但这并不意味着分公司可以随意代表总公司进行民事行为。
- 在实际操作中，应遵循法律法规的规定，确保分公司盖章的行为在法律框架内进行。
三、实际操作建议
明确授权：
- 总公司应明确授权分公司可以代表其在工程资料上盖章，并明确授权的范围和期限。
- 授权应以书面形式进行，并加盖总公司公章，以确保授权的合法性和有效性。
合同审查：
- 在签订项目设计合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于工程资料盖章的要求。
- 如合同中有特殊要求，应及时与对方沟通并达成一致意见，以避免后续纠纷。
风险防控：
- 总公司应加强对分公司的管理和监督，确保分公司按照授权范围进行民事行为。
- 如发现分公司有超越授权范围的行为，应及时制止并采取措施进行纠正。
进一步思考：在实际操作中，除了考虑分公司盖章的法律效力外，还应关注工程资料的真实性和完整性。无论是由总公司还是分公司盖章，都应确保工程资料的真实、准确、完整，以避免因资料问题引发的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。