结论：还款协议在公司被吊销营业执照后，由法定代表人签字，其效力需分情况讨论，主要取决于公司被吊销后的法律状态、协议内容及签字行为是否符合法律规定。以下从不同角度详细分析：
一、公司被吊销营业执照后的法律状态
公司被吊销营业执照，意味着其经营资格被剥夺，但公司主体资格并未立即消灭。根据《公司法》及相关规定，公司被吊销后，应依法进行清算，清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。因此，若还款协议是在公司清算期间签订，且内容与清算相关（如清偿债务），则法定代表人签字一般有效；若协议内容与清算无关，则可能因违反公司被吊销后的经营限制而无效。
二、法定代表人签字的法律效力
法定代表人权限：
- 法定代表人作为公司的代表，其签字行为通常视为公司行为。但公司被吊销后，法定代表人的权限受到限制，不得再以公司名义从事与清算无关的经营活动。
- 若法定代表人签字行为超出其权限范围，且相对方知道或应当知道该情形的，该签字行为对公司不发生效力。
签字行为真实性：
- 无论公司状态如何，法定代表人签字的真实性都是判断协议效力的关键。若签字系伪造或冒用，则协议无效。
- 建议通过笔迹鉴定等方式确认签字真实性，以避免纠纷。
三、还款协议的具体内容
协议内容合法性：
- 还款协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，若协议中约定高利贷等违法内容，则该部分无效。
- 协议内容应明确、具体，包括还款金额、期限、方式等关键条款，以避免歧义和纠纷。
协议与清算的关系：
- 若公司被吊销后进入清算程序，还款协议应作为清算财产的一部分进行处理。此时，法定代表人签字确认的还款协议，在清算范围内一般有效。
- 若协议内容涉及公司清算后的财产分配或债务清偿，应确保符合清算程序的要求，如经过债权人会议决议等。
四、实际操作建议
确认公司状态：
- 在签订还款协议前，应确认公司是否已被吊销营业执照，以及是否进入清算程序。这可以通过查询工商登记信息或咨询相关部门实现。
审查法定代表人权限：
- 了解法定代表人是否仍有权代表公司签订协议。若公司已进入清算程序，应确认清算组是否授权法定代表人签订还款协议。
完善协议条款：
- 还款协议应明确、具体，包括双方基本信息、还款金额、期限、方式、违约责任等关键条款。同时，应注明协议签订的背景和目的，以增强协议的法律效力。
留存证据：
- 在签订还款协议时，应留存相关证据，如法定代表人身份证明、授权委托书、公司清算文件等。这些证据在后续纠纷解决中可能起到关键作用。
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