就业协议书（三方协议）确实是由毕业生、用人单位和学校各保存一份的。以下是对这一问题的详细解释：

一、就业协议书（三方协议）的性质与作用

就业协议书，也被称为《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是毕业生、用人单位和学校三方之间共同签署的一份具有法律效力的协议。它主要明确了毕业生和用人单位双方的基本信息、应承担的责任以及达成的就业意向。这份协议不仅为毕业生提供了与用人单位建立劳动关系的初步凭证，也为学校后续办理毕业生的就业报到证、转递档案、户口迁移等手续提供了重要依据。

二、就业协议书（三方协议）的保管方式

1. 毕业生保管：

   • 用途：作为毕业生与用人单位达成就业意向的凭证，用于在求职过程中参考及办理入职手续时出示。
   • 注意事项：毕业生应将其视为个人重要文件，妥善保管，防止丢失或损坏，以免给后续就业手续办理带来麻烦。

2. 用人单位保管：

   • 用途：确认录用毕业生的相关信息，作为后续办理录用手续、签订劳动合同、工资核算、社会保险缴存等的依据。
   • 注意事项：用人单位应将协议书交由人力资源部门或相关办公室备案存档，确保协议内容的完整性和准确性，并严格按照协议约定执行，以保障毕业生的合法权益。

3. 学校保管：

   • 用途：掌握毕业生的就业情况，进行就业数据统计和分析，为后续的教学改革、专业调整提供参考；同时，作为编制就业派遣方案及办理毕业生就业相关手续的重要依据。
   • 注意事项：学校应建立健全管理制度，指定专人负责保管和管理就业协议书，保护毕业生的个人信息安全，防止信息泄露。

三、就业协议书（三方协议）的法律效力与后续处理

就业协议书在毕业生到单位报到并正式接收后，虽然其作为三方协议的直接法律效力可能终止（通常凭《全国普通高等学校本专科毕业生就业报到证》或《全国毕业生研究生报到证》完成报到手续），但其中约定的条款和双方的权利义务关系，往往会在后续签订的劳动合同或聘用合同中得到延续和确认。因此，各方应妥善保管好自己的协议书，以备后续查询和核对。

四、特殊情况处理

• 遗失或损坏：若就业协议书遗失或损坏，毕业生需及时向学校就业指导中心提交申请，并按照相关规定和程序办理补发手续。
• 解约：毕业生与用人单位签订就业协议后，如需解约并领取新协议书，必须按照学校的具体规定办理相关手续，这通常包括提交原录用单位同意解约的书面证明、个人书面申请等，以确保解约过程的合法性和规范性。

总结与建议：

就业协议书（三方协议）是毕业生、用人单位和学校三方之间建立劳动关系的重要法律依据。各方应妥善保管好自己的协议书，并严格遵守其中的约定。如果在保管或后续处理过程中遇到任何问题，建议及时咨询专业人士或相关部门，以确保各自的权益得到充分保障。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。