提供虚假资料申请三类医疗器械注册证，将面临行政处罚，情节严重的还可能承担刑事责任。具体处罚情况如下：

1. 行政处罚：

   • 依据：根据《医疗器械监督管理条例》第八十三条的规定，在申请医疗器械行政许可时提供虚假资料或者采取其他欺骗手段的，由负责药品监督管理的部门没收违法所得、违法生产经营使用的医疗器械，并处相应罚款。
   • 具体处罚：
     • 对于已经取得三类医疗器械注册证的，将由原发证部门撤销已经取得的许可证件。
     • 违法生产经营使用的医疗器械货值金额不足1万元的，并处5万元以上15万元以下罚款。
     • 货值金额1万元以上的，并处货值金额15倍以上30倍以下罚款。
     • 情节严重的，责令停产停业，对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，没收违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入30%以上3倍以下罚款，终身禁止其从事医疗器械生产经营活动。

2. 刑事责任：

   • 依据：如果提供虚假资料的行为构成犯罪，如生产、销售不符合标准的医用器材罪等，将依法追究刑事责任。
   • 具体处罚：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，生产、销售不符合标准的医用器材，足以严重危害人体健康的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金；对人体健康造成严重危害的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金；后果特别严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金或者没收财产。

建议：在申请三类医疗器械注册证时，务必确保所有提交的资料真实、准确、完整。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。