房地产企业破产时，土地逾期开发违约金的计算需结合合同约定、法律规定及破产程序中的特殊规则综合判定，具体分以下情况分析：

1. 合同有明确约定时：以约定为基准，但需审查合理性

• 违约金计算方式：若土地出让合同或开发协议中明确约定了逾期开发违约金的计算标准（如按日加收一定比例的滞纳金、固定金额违约金等），原则上应按合同约定执行。
• 破产程序中的调整：根据《企业破产法》第56条，管理人有权审查违约金条款的合理性。若违约金过高（如超过实际损失的30%），法院可能根据债务人申请或依职权调整至合理范围，以平衡债权人利益与债务人财产保护。
• 例外情形：若违约金条款因违反法律强制性规定（如超出政府规定的最高限额）或显失公平被认定无效，则需按法定标准计算。

2. 合同无约定或约定不明时：适用法定标准

• 法律依据：根据《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第17条，未按合同约定动工开发的，土地管理部门可征收相当于土地使用权出让金20%以下的土地闲置费；满2年未开发的，可无偿收回土地使用权。
• 破产程序中的适用：若企业破产时土地已逾期开发，管理人需向土地管理部门申报违约金或闲置费债权。此时，违约金可能被认定为普通债权（按比例清偿），而非优先债权（除非法律明确规定）。
• 地方性规定：部分地区（如深圳、上海）对土地闲置违约金有更详细的规定（如按日加收出让金1‰-3‰的违约金），需结合当地政策执行。

3. 破产程序中违约金的特殊处理规则

• 债权申报与审查：根据《企业破产法》第48条，土地管理部门需在破产程序启动后申报违约金债权，管理人审查后编制债权表提交债权人会议核查。
• 清偿顺序：违约金通常属于普通债权，在破产财产优先清偿破产费用、共益债务、职工债权、税款后，按比例分配。但若违约金与土地使用权收回直接相关（如闲置费），可能被认定为优先债权（需结合具体案情判断）。
• 管理人撤销权：若企业在破产前6个月内因支付高额违约金导致财产不当减少，管理人可根据《企业破产法》第31条申请撤销该行为。

4. 实务建议

• 管理人角度：应全面审查合同条款、地方政策及实际损失，合理确定违约金金额；积极与土地管理部门协商，争取减免或分期支付。
• 债权人角度：若为土地管理部门，需及时申报债权并提供证据；若为其他债权人，可关注违约金是否影响破产财产分配公平性，必要时提出异议。
• 企业角度：在破产前可尝试通过协商、重组等方式避免违约金产生，或提前与政府沟通延期开发事宜。

总结：土地逾期开发违约金的计算需以合同约定为起点，结合法定标准、地方政策及破产程序规则综合判定。管理人应严格审查违约金合理性，债权人需积极主张权利，企业则需提前规划以降低风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。