土地被占两次的赔偿计算需根据具体侵权情形、责任主体及法律关系综合判定，核心原则为“填平损失+惩罚性赔偿（如适用）”，具体分以下情形处理：

1. 同一主体两次占用土地

   • 若为同一侵权人（如企业、个人）分两次实施占用行为，需合并计算占用面积、时间及损失。赔偿范围包括：
     
     • 土地使用费：按当地政府公布的土地租金标准或实际占用期间的土地市场价值计算（如集体建设用地年租金约500-2000元/亩，具体以地方政策为准）；
       
     • 地上附着物损失：如青苗、房屋、设施等，按重置成本或实际损失赔偿（需提供购买凭证、评估报告等证据）；
       
     • 惩罚性赔偿：若占用行为涉及恶意（如明知违法仍占用），可依据《民法典》第1185条主张1-3倍赔偿（需举证侵权人主观恶意）。
       

2. 不同主体两次占用土地

   • 若为不同侵权人（如A企业占用后，B企业再次占用），需分别向两侵权人主张赔偿，赔偿范围同上，但需注意：
     
     • 责任独立性：两侵权人仅对其各自占用期间的损失负责，不连带赔偿另一方的占用损失；
       
     • 证据链要求：需分别证明两侵权人的占用行为、时间及损失（如通过现场照片、政府查处记录、证人证言等固定证据）。
       

3. 行政机关违法占用土地

   • 若两次占用均涉及行政机关（如政府征地后超范围占用），赔偿路径为：
     
     • 行政赔偿：依据《国家赔偿法》第4条，按直接损失赔偿（如土地补偿费、安置补助费未足额支付的差额部分）；
       
     • 复议或诉讼：需先通过行政复议确认违法，再申请国家赔偿（时效为知道侵权之日起2年内）。
       

关键提醒：

• 赔偿计算需以“实际损失”为基准，避免虚报；
  
• 及时固定证据（如占用前后对比照片、土地权属证明、损失清单）；
  
• 若涉及刑事犯罪（如非法占用农用地罪），可同步向公安机关报案，追究刑事责任并主张附带民事赔偿。
  

如有具体案件细节（如占用主体、土地性质、损失类型等），可进一步向我说明，我将结合地方政策及司法实践提供精准计算方案。