您好，关于您提出的“出生证明填了不是女方合法配偶还能上户口会被抓吗”这一问题，我可以为您详细解答。
首先，需要明确的是，出生证明上填写的父亲信息，并不直接决定孩子能否上户口，也不涉及法律上的“被抓”问题。出生证明主要是记录孩子的出生信息，包括出生时间、地点、父母信息等，它是孩子出生后的重要法律文件。
在办理孩子户口时，根据《中华人民共和国户口登记条例》及相关政策，新生儿（含违法生育）户口登记原则上按照随父或者随母自愿选择原则，在其父亲或者母亲户口所在地登记户口。这意味着，无论出生证明上填写的父亲是否是女方的合法配偶，孩子都有权选择随父或随母落户。
当然，在办理户口时，需要提交一些必要的材料，包括《出生医学证明》、落户方居民户口簿、居民身份证，以及父母的《结婚证》或非婚生育说明等。这些材料主要是为了证明孩子的身份和与父母的关系，确保户口登记的准确性和合法性。
关于您提到的“会被抓吗”的问题：
法律层面：出生证明上填写的父亲信息不真实，并不构成违法行为，因此不会因此被抓。但是，如果故意提供虚假信息以骗取户口或其他利益，则可能涉及法律责任。
实际操作：在办理户口时，公安机关会对提交的材料进行审核。如果发现出生证明上的信息与实际情况不符，可能会要求提供进一步的证明材料或进行调查。但这并不意味着会被抓，而是为了确保户口登记的准确性和合法性。
建议：为了确保户口登记的顺利进行，建议您在办理户口时提供真实、准确的材料。如果出生证明上的父亲信息有误或需要更改，可以向签发机构申请更正或提供相关证明材料。
综上所述，出生证明上填写的父亲信息不是女方的合法配偶，并不会影响孩子上户口，也不会因此被抓。但为了确保户口登记的准确性和合法性，建议您在办理户口时提供真实、准确的材料。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。