政府对私人侵占河道耕种行为的处理方式主要依据相关法律法规，采取责令停止违法行为、恢复原状、罚款等措施，情节严重的还可能追究刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处理措施

   • 责令停止违法行为：根据《中华人民共和国水法》第六十五条：“在河道管理范围内建设妨碍行洪的建筑物、构筑物，或者从事影响河势稳定、危害河岸堤防安全和其他妨碍河道行洪的活动的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，限期拆除违法建筑物、构筑物，恢复原状；逾期不拆除、不恢复原状的，强行拆除，所需费用由违法单位或者个人负担，并处一万元以上十万元以下的罚款”。因此，政府水行政主管部门或流域管理机构有权责令侵占河道耕种的私人停止违法行为。
   • 恢复原状：除了责令停止违法行为外，政府还有权要求侵占者恢复河道原状，以确保河道的行洪能力和生态功能不受影响。
   • 罚款：对于逾期不拆除、不恢复原状的侵占者，政府可以强行拆除，并处以罚款，罚款金额根据违法情节的严重程度而定，一般在一万元以上十万元以下。

2. 刑事责任追究

   • 非法占用农用地罪：如果侵占河道耕种的行为同时构成了非法占用农用地罪，即违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
   • 其他相关罪名：如果侵占河道耕种的行为还涉及其他违法犯罪活动，如破坏公共设施、环境污染等，还可能构成其他相关罪名，依法追究刑事责任。

3. 其他处理措施

   • 联合执法：政府可以组织水利、国土、环保等多部门进行联合执法，共同打击私人侵占河道耕种的行为，形成执法合力。
   • 宣传教育：政府还可以通过宣传教育的方式，提高公众对河道保护重要性的认识，引导公众自觉遵守相关法律法规，共同维护河道的生态安全。