三岁小孩在医院做检查发生医疗事故，赔偿问题需根据具体情况确定，一般可按以下步骤处理并主张相应赔偿：

1. 确认医疗事故的认定
   首先需明确是否构成医疗事故。根据《医疗事故处理条例》，医疗事故需满足三个条件：

   • 医疗机构或医务人员存在违法行为（如违反诊疗规范）；
     
   • 患者存在人身损害后果（如检查导致器官损伤、功能障碍等）；
     
   • 违法行为与损害后果之间存在直接因果关系。
     若医院存在过错（如操作失误、未履行告知义务等），且导致孩子健康受损，可认定为医疗事故。

2. 赔偿主体与责任划分

   • 医疗机构责任：若医院或医务人员存在过错，医院需承担赔偿责任。若涉及第三方设备或药品问题，可能需追加生产商或供应商为共同被告。
     
   • 监护人责任：若监护人未履行配合义务（如隐瞒孩子病史），可能减轻医院责任，但实践中三岁儿童监护人责任通常较轻。

3. 赔偿范围与计算标准
   根据《民法典》及司法解释，赔偿项目包括：

   • 医疗费：已发生的检查、治疗费用及后续康复费用；
     
   • 护理费：根据孩子伤情及护理依赖程度，按当地护工标准计算；
     
   • 营养费：根据医嘱或鉴定结论确定合理期限；
     
   • 残疾赔偿金：若构成伤残，按伤残等级及当地人均可支配收入计算20年（如十级伤残为收入的10%）；
     
   • 精神损害抚慰金：根据伤残程度、医院过错程度等酌定（通常为5000元至5万元不等）；
     
   • 交通费、住宿费：实际发生的合理费用；
     
   • 其他费用：如残疾辅助器具费、后续治疗费等。

4. 处理流程建议

   • 封存病历：立即要求医院封存全部病历资料（包括主观病历如会诊记录）；
     
   • 医疗鉴定：向当地医学会申请医疗事故技术鉴定，或通过司法鉴定机构明确过错比例；
     
   • 协商调解：与医院协商赔偿，或通过医调委调解；
     
   • 诉讼途径：若协商无果，可向法院起诉，同时申请财产保全确保赔偿执行。

特别提示：

• 三岁儿童属于无民事行为能力人，赔偿标准通常按“城镇居民人均消费性支出”或“人均可支配收入”的较高值计算；
  
• 若医院拒绝赔偿或赔偿金额过低，建议委托律师介入，通过法律程序主张权益。
  

如有进一步细节（如具体损伤情况、医院过错类型等），可提供更多信息以便精准分析。