结论：在逾期不改正才处罚的情况下，若立案时当事人已经在期限内改正，通常的处理方式是撤销立案，但具体还需结合案件实际情况和法律规定来判断。

分析说明：

1. 从行政处罚的立法目的出发：

   • 行政处罚的目的是纠正违法行为、维护公共利益和社会秩序。如果当事人在立案前已经主动改正了违法行为，那么行政处罚的目的已经部分实现，此时再对当事人进行处罚可能不符合行政处罚的初衷。

2. 从法律条文的具体规定来看：

   • 虽然具体的法律条文可能因地区和具体案件类型而有所不同，但通常这类“逾期不改正才处罚”的规定，都隐含了一个前提，即违法行为在规定的期限内未得到改正。如果当事人在期限内已经改正，那么这一前提就不复存在，因此行政处罚的适用条件也就不再满足。
   • 例如，在某些环保法规中，可能规定对于超标排放污染物的行为，如果逾期不改正则处以罚款。但如果当事人在环保部门立案前就已经主动停止了超标排放，并采取了有效措施确保今后不再发生，那么环保部门在立案后通常会考虑撤销立案或不再进行处罚。

3. 从实际操作的层面考虑：

   • 在行政执法实践中，如果当事人在立案前已经改正了违法行为，行政机关通常会进行核实，并根据核实结果决定是否继续处罚。如果核实确认当事人已经改正，且没有造成严重后果，那么行政机关很可能会选择撤销立案或作出不予处罚的决定。
   • 当然，这也需要行政机关在执法过程中保持公正、公平和透明，确保当事人的合法权益得到保障。

特殊情况说明：

• 虽然上述分析表明在大多数情况下，如果当事人在立案前已经改正了违法行为，行政机关会选择撤销立案或不予处罚，但也不能排除在某些特殊情况下，行政机关仍然会对当事人进行处罚。例如，如果当事人的违法行为造成了严重后果，或者虽然改正了但改正措施不够彻底、存在再次违法的风险等，行政机关可能会根据具体情况决定继续处罚。

建议与行动：

• 如果您或您的企业遇到了类似的情况，即立案时已经在期限内改正了违法行为，但不确定行政机关会如何处理，建议您及时与行政机关沟通，说明情况并提供相关证据，以便行政机关能够全面、客观地了解案件事实，并作出公正、合理的决定。
• 同时，您也可以咨询专业的法律人士（比如我，张万玺律师，专注于行政纠纷等领域），以获取更具体、更专业的法律建议。