行政机关在收到行政许可申请人电话告知不申请后，应当终止材料补正程序，并视情况作出相应处理。具体分析如下：

1. 终止材料补正程序
   根据《行政许可法》第三十二条，行政机关对申请人提出的行政许可申请，若材料不齐全或不符合法定形式，应当当场或在五日内一次性告知补正内容。若申请人在补正期间通过电话明确表示不再申请，可视为其主动撤回申请。此时，行政机关无需继续等待补正材料，应直接终止补正程序，避免程序空转。

2. 书面确认撤回申请（推荐操作）
   尽管电话通知具有即时性，但为避免后续争议（如申请人否认撤回意图），行政机关应要求申请人提交书面撤回申请（如邮件、传真或书面声明）。若申请人拒绝书面确认，行政机关可记录电话沟通内容（包括时间、对方身份、撤回意愿等），并存档备查，作为程序终止的依据。

3. 结案处理与归档
   行政机关需在系统中标注该申请已撤回，并整理相关材料（包括原始申请、补正通知、电话记录等）归档。若申请已进入审查阶段，需同时终止审查，避免资源浪费。

4. 特殊情形处理

   • 若申请人反悔：若申请人在电话撤回后反悔，要求继续办理许可，行政机关需结合实际情况判断。若补正期限未过且申请人能立即补交材料，可恢复程序；若期限已过，则需重新申请。
     
   • 涉及第三方权益：若该许可涉及公共利益或第三方权益（如环境影响评价、公共资源分配等），行政机关需谨慎处理，必要时可要求申请人出具正式撤回文件，并公告或通知相关方。

总结：行政机关在收到电话撤回申请后，应以终止补正程序为原则，同时通过书面确认或记录沟通内容降低风险。若您遇到具体操作难题或需进一步分析，欢迎直接向我咨询。