结论前置：公司刻有两枚公章并非绝对违法，但需严格遵循相关法律法规和公司内部管理规定，确保公章的合法性和规范性。一般情况下，公司公章应仅有一枚，但在特定情况下，如业务需要，可经过合法程序刻制其他专用章。
一、公章的法律地位与重要性
公章是公司对外行使权力、进行民事活动的重要代表标识，具有唯一性和法定性。其使用和管理受到我国法律的严格监管，是公司合法权益和交易安全的重要保障。
二、公司刻有两枚公章的合法性分析
正常情况下：
- 公司应仅持有一枚经公安机关备案的公章，该公章具有最高的法律效力，用于签署合同、出具证明等重要文件。
- 未经备案私自刻制多枚公章可能涉嫌违法，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条，伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的，将面临法律责任追究。
特殊情况下：
- 根据经营管理需要，公司可刻制多个其他印章，如合同专用章、财务专用章、发票专用章等。这些专用章有严格的界定和区分，并不等同于拥有两个具有同等效力、随意使用的公章。
- 若公司因业务拓展、不同分支机构或特定业务场景需要，确实需要刻制多枚公章（如不同地区的分公司使用不同公章），必须经过合法审批、备案等程序，确保每个公章的合法性和可追溯性。
三、公司刻有两枚公章的法律风险
管理混乱：
- 多枚公章可能导致内部管理混乱，文件、合同等法律文件不一致，难以追踪。
- 在法律纠纷中，多枚公章可能导致责任归属不明确，难以追究相关人员的法律责任。
法律效力问题：
- 备案公章在各类民事法律行为、经济往来、诉讼活动中具有当然的法律效力。
- 未经备案公章的效力认定复杂，若相对人有合理理由相信该公章代表公司意思表示，或公司进行了追认，则可能被认定为有效；否则，可能不对公司具有约束力。
欺诈风险：
- 多枚公章增加了被不法分子盗用或滥用的风险，可能被用于签署虚假合同、伪造文件等违法行为。
四、合规建议
统一公章管理：
- 公司应建立严格的公章管理制度，确保仅持有一枚合法有效的公章（或明确少数几枚公章的具体用途和使用权限）。
- 公章应由专门的部门或人员负责保管和使用，并登记每次使用的详细情况，包括使用时间、使用事项、使用人等。
加强内部控制：
- 确保公章的使用符合公司的授权和审批流程，对于需要使用公章的文件或合同，应经过相关部门或人员的审核和批准。
- 通过内部控制措施防止公章的滥用和盗用。
法律风险防范：
- 在使用公章时，应严格遵守相关法律法规和合同约定。
- 对于重要的法律文件，建议进行审查和指导，以确保其合法性和有效性。
定期审计与检查：
- 定期对公章的使用情况进行审计和检查，及时发现和纠正存在的问题。
- 对于违反公章管理制度的行为，应依法依规进行处理，以维护公司的合法权益和交易安全。
及时清理与备案：
- 对于不再使用的公章，应及时按照规定程序进行销毁，并办理相关备案注销手续。
- 如果有新的业务用章需要启用，要确保依法依规进行备案。
总结：公司刻有两枚公章并非绝对违法，但需严格遵循相关法律法规和公司内部管理规定。为确保公司的合法权益和交易安全，建议公司采取统一公章管理、加强内部控制、防范法律风险以及定期审计与检查等措施。如有任何关于公章的疑问或需求，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见。