工厂扣员工1200元工资是否合法，需根据具体情况及法律法规来判断。以下是一些可能的情况及对应的法律分析：
合法的扣工资情形
代扣代缴：
- 如果工厂依法从员工工资中代扣代缴了个人所得税、社会保险费用（员工个人负担部分）或法院判决、裁定要求的抚养费、赡养费等，那么这种扣减是合法的。例如，按照税务部门要求代扣员工的个人所得税，这是符合法律规定的。
员工过错导致经济损失：
- 若员工因故意或重大过失给工厂造成经济损失，工厂可以要求员工赔偿，并从工资中扣除相应款项。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若1200元未超过当月工资的20%，且扣除后工资不低于最低工资标准，则合法。
违反劳动纪律：
- 如果工厂依法制定的规章制度中明确规定了旷工、迟到早退等违反劳动纪律的行为可以扣工资，并且该规章制度已经向员工公示或告知，那么按规定扣工资是合法的。例如，规章制度规定旷工一天扣当日双倍工资，且该制度经职工代表大会讨论通过并公示，则按规定扣工资是合法的。但需注意，扣减金额需合理，且不得违反最低工资标准等规定。
员工绩效不达标：
- 绩效工资作为浮动工资部分，如果员工绩效未达标，公司可以通过绩效考核减少其绩效工资。若1200元属于绩效工资部分，且符合绩效考核规定，则合法。
不合法的扣工资情形
无正当理由扣工资：
- 工厂没有合法依据，随意克扣员工工资，如以莫须有的理由或未经法定程序制定扣工资规定就执行扣工资行为，这是违法的。例如，因管理者个人喜好或随意设定的不合理“规定”扣工资。
违反劳动合同约定：
- 当劳动合同明确约定了工资数额、支付方式及扣除情形等内容时，工厂未经员工同意擅自超出合同约定范围扣工资是不合法的。例如，合同约定每月工资5000元，并无关于迟到扣工资的条款，工厂却以迟到为由扣工资即违反了合同约定。
违反法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。若工厂无正当理由扣减1200元工资，则违反了法律法规。
员工维权途径
面对不合法的扣工资行为，员工可以采取以下措施维护自己的权益：
- 与工厂协商：首先尝试与工厂沟通协商，要求说明扣工资的依据并纠正不合理行为。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权责令工厂改正并处以罚款。
- 申请劳动仲裁：员工也有权直接申请劳动仲裁，要求工厂返还不合理扣款并支付经济补偿等。
总结来说，工厂扣员工1200元工资是否合法，需根据扣减的原因、金额是否合理、是否违反法律法规及劳动合同约定等因素综合判断。若您面临此类问题，建议先与工厂沟通协商，若无法解决，可寻求法律帮助以维护自己的合法权益。